Marie Jeanne Baptiste de Savoia s-a născut pe 11 aprilie 1644 la Hôtel de Nemours din Paris și a fost cea mai mare dintre cei cinci copii ai lui Carol Amadeus, Duce de Nemours și ai soției sale, Prințesa Élisabeth de Bourbon-Vendôme. Prin mama ei, copila a fost nepoata regelui Henric al IV-lea al Franței, iar acest lucru a făcut-o verișoară îndepărtată cu Ludovic al XIV-lea. Fetița a crescut împreună cu sora ei, Marie Françoise, Mademoiselle d’Aumale, care s-a născut în 1646. și în adolescență a frecventat salonul celebrei Madame de La Fayette.
Ducele de Nemours a murit în 1652, fiind ucis într-un duel de cumnatul său, François, Duce de Beaufort. În următorii câțiva ani, prințesa și familia ei au fost puse sub tutela unchiului patern Henri al II-lea, noul Duce de Nemours, deși moșteniseră multe din sursele de venit ale tatălui decedat. La moartea lui Henri, în 1659, ducatul de Nemours a revenit la coroana Franței, dar Marie Jeanne Baptiste a continuat să primească un venit anual.
Familia prințesei și-a dorit să o căsătoreacă cu Carol Emmanuel al II-lea, Ducele de Savoia, care era fiul Christinei Marie a Franței. În 1659, aceasta le-a chemat pe tânără, pe mama și pe sora ei la Torino, pentru a o cunoaște pe viitoarea mireasă, tânărul s-a arătat foarte interesat de ea, dar până la urmă nu s-a ajuns la un acord privind mariajul, ducele căsătorindu-se ulterior cu Françoise Madeleine d’Orléans.
După ce s-a întors în Franța, Mademoiselle de Nemours i-a atras atenția prințului Carol de Lorena, moștenitor al Ducelui de Lorena, și cei doi s-au logodit pe 4 februarie 1662. Căsătoria a fost privită bine la curtea franceză, mariajul fiind susținut de regina Anna de Austria, mama lui Ludovic al XIV-lea, dar două zile mai târziu a fost semnat Tratatul de la Montmartre, iar ducatele de Lorena și Bar au intrat în proprietatea lui Ludovic al XIV-lea, iar acest lucru l-a lăsat pe ducele de Lorena fără avere și tânărul a rupt logodna.
Pe 27 decembrie 1663, Christine Marie a murit, nora ei, Françoise Madeleine, a murit și ea după trei săptămâni și ducele Carol Emmanuel al II-lea de Savoia a rămas văduv și fără niciun moștenitor, așa că gândurile lui s-au îndreptat din nou către prințesa Marie Jeanne Baptiste.
Negocierile au durat mai mult de un an, dar până la urmă s-a ajuns la un acord privind mariajul, astfel că în mai 1665 tânăra a plecat la Annecy împreună cu bunica ei, Françoise de Lorena, pentru a-și reîntâlni viitorul soț. Cei doi s-au căsătorit pe 20 mai 1665 la Castello del Valentino, zestrea tinerei fiind provinciile de frontieră Genevois, Faucigny și Beaufort, care aveau să devină proprietatea Casei de Savoia. La aproape un an de la căsătorie, Madama Reale, cum era cunoscută în noul regat, a adus pe lume un fiu care a fost botezat Victor Amadeus, în onoarea lui Victor Amadeus I, Duce de Savoia, bunicul patern.
Marie Jeanne Baptiste a jucat un rol minor la curtea ducatului de Savoia, iar soțul ei a avut diferite amante și mai mulți copii nelegitimi, pe care ducesa a fost obligată să-i accepte. Pe 12 iunie 1675, Carol Emmanuel a murit subit la vârsta de 40 de ani, după un atac febră convulsivă. Aflat pe patul de moarte, și-a numit soția regentă pentru unicul său fiu legitim care avea doar 11 ani în acel moment.
Prințesa a preluat noua ei sarcină cu mare interes și ambiție, a continuat munca soțului ei, a sprijinit proiectele de construcție începute de el, a fondat organizații artistice și instituții de învățământ, dar relația cu singurul ei fiu a fost tot timpul tensionată, probabil din cauza ambiției ducesei de a păstra puterea doar pentru ea. Până în 1677, Marie Jeanne Baptiste a încercat să aranjeze o căsătorie avantajoasă pentru Victor Amadeus care avea să ajungă la majorat în mai 1680. Candidate cu șanse au fost considerate Arhiducesa Maria Antonia, Maria Sofia de Neuburg, Anne Marie d’Orléans și propria ei nepoată, Infanta Isabel Luísa, dar niciunul dintre aranjamente nu a fost finalizat. Marie Jeanne Baptiste s-a orientat apoi spre Marele Ducat al Toscanei, care a oferit-o pe Annei Maria Luisa de’ Medici ca mireasă, dar nici acest mariaj nu a fost încheiat.
Chiar dacă regența Mariei Jeanne Baptiste s-a încheiat oficial în 1680, ea nu i-a predat puterea fiului său până în 1684. Până la urmă tânărul duce s-a căsătorit cu Anne Marie, fiica lui Filip al Franței, Duce de Orléans pe 6 mai 1684, moment în care a preluat controlul deplin al ducatului și a decis să-și alunge mama de la curte, pentru a opri orice influență directă în afacerile politice. Ducesa s-a retras la Palazzo Madama din Torino, aflat chiar vizavi de Palatul Ducal, a menținut relații bune cu nora ei și i-a îndrăgit pe cei opt nepoți, care o vizitau frecvent pe bunică.
Datorită Tratatului de la Utrecht din 1713, fiul ei a primit Regatul Siciliei ca recunoaștere pentru serviciile aduse lui Carol al VI-lea în timpul Războiului de Succesiune Spaniolă, fiind încoronat rege al Siciliei în Catedrala din Palermo în decembrie 1713 și de-abia atunci a reluat relațiile cu ambițioasa sa mamă.
Marie Jeanne Baptiste a murit la Palazzo Madama în martie 1724, cu o lună înainte de a împlini 80 de ani, fiind înmormântată la Sacra di San Michele, un complex religios aflat pe Muntele Pirchiriano din Torino.
