Maria Christina Johanna Josepha Antonia von Habsburg-Lothringen s-a născut pe 13 mai 1742 și a fost a patra fiică și al cincilea copil al Mariei Terezia a Austriei și al împăratului Francisc I. În familie i se spunea „Mimi” și a fost copilul favorit al mamei sale. Arhiducesa nu era numai foarte frumoasă, ci și inteligentă și 
talentată. Prima soție a fratelui ei, care va deveni mai târziu împăratul Iosif al II-lea, Isabela de Parma, a fost prietena ei cea mai bună.
Maria Cristina a știut cum să o convingă pe mama ei, vulnerabilă după moartea neașteptată a lui Francisc I, să-i permită să se căsătorească din dragoste, spre deosebire de toți ceilalți frați cărora puternica împărăteasă le aranjase mariaje din rațiuni diplomatice.
Prințesa l-a ales pe vărul ei de-al doilea, Prințul Albert de Saxonia, care nu avea o mare avere și nici perspectiva de a moșteni vreun tron. Albert a fost numit arhiduce și guvernator al Ungariei, apoi cuplului i s-a oferit ducatul de Teschen și, în 1780, cei doi au fost numiți guvernatori ai Țărilor de Jos austriece.
Căsnicia lor a fost una fericită, dar a stârnit invidia surorilor prințesei care nu fuseseră atât de norocoase. Una dintre ele, arhiducesa Maria Amalia, a fost îndrăgostită de un prinț minor, Carol de Zweibrücken, dar a fost forțată să se 
căsătorească cu Ferdinand de Parma și, din acest motiv, s-a înstrăinat de mama ei pentru tot restul vieții împărătesei. Și Maria Antoaneta a fost invidioasă pe relația Mariei Cristina cu mama lor, iar când arhiducesa a vizitat Franța, sora ei aproape a ignorat-o, tratând-o ca pe un musafir obișnuit la Versailles, iar fratele lor, Leopold, o displăcea pe Mimi din cauza limbii ei ascuțite și din cauza obiceiul de a-i spune totul împărătesei.
Arhiducesa Maria Cristina a avut un singur copil, pe prințesa Cristina de Saxonia, care a murit pe 17 mai 1767, la doar o zi după naștere. Cuplul l-a adoptat pe nepotul Mariei Cristina, fiul fratelui ei, Leopold, și al Mariei Ludovica a celor Două Sicilii care
muriseră foarte tineri. Arhiducele Carol de Austria a fost devenit un comandant reformator al armatei austriece.
Începând din anul 1797 Maria Cristina a început să sufere de o boală de stomac, iar la mijlocul lunii iunie 1798 starea ei s-a agravat. După ce i-a scris soțului ei, Albert, o scrisoare de rămas bun în care i-a mărturisit dragostea sa profundă, a murit a doua zi, pe 24 iunie 1798, la vârsta de 56 de ani. Arhiducesa a fost înmormântată în cripta imperială din Viena, inima ei fiind îngropată separat, în Herzgruft, în spatele 
Capelei Loreto din Biserica Augustiniană din cadrul complexului Palatului Hofburg din Viena.
După moartea soției sale, Albert, profund îndurerat, s-a ocupat doar de colecția sa de lucrări de grafică și desene care este considerată cea mai mare din lume și poate fi văzută astăzi la Muzeul Albertina. Prințul a construit un cenotaf impresionant pentru Maria Christin
a în Biserica Augustiniană. În ornamentele acestui mormânt, o lucrare a celebrului sculptor neoclasic Antonio Canova, nu există niciun simbol creștin, ci mai multe motive francmasone, simboluri și figuri de doliu care erau folosite perioada creștină timpurie.
Arhiducele Albert a murit în în 1822 și a fost înmormântat lângă Maria Christina și fiica lor, în Cripta Capucinilor.
