Vasili Pavlovici Kazansky s-a născut pe 29 aprilie 1873 în în satul Nimenskii din gubernia Olonets, într-o familie de preoți, și a absolvit Seminarul Teologic în 1893, obținând diploma de teolog la Academia din Sankt Petersburg în 1897, cu o teză despre activitățile antieretice ale Arhiepiscopului Arcadius. În 1895, a devenit călugăr și i s-a dat numele Veniamin, mai târziu în acel an a fost hirotonit ierodiacon, iar în anul următor a devenit ieromonah.
După absolvire, a predat la Seminarul Teologic din Riga, după care a fost numit inspector al Seminarului Teologic din Kholm, apoi al Academiei Spirituale din Sankt Petersburg și în 1905 a devenit rector al acestei instuții de învățământ.
Cinci ani mai târziu Veniamin a fost numit episcop vicar al diecezei de Sankt Petersburg, dar slujea adesea în bisericile din suburbiile cele mai sărace și mai îndepărtate ale capitalei, a condus serviciile divine de Paște și de Crăciun la fabricile Putilovsky și Obukhovsky și a organizat fundația caritabilă a Maicii Domnului pentru îngrijirea femeilor abandonate.
După arestarea mitropolitului Pitirim pe 15 martie 1917, Veniamin a administrat dieceza din Sankt Petersburg și în același an a fost ales episcop în mod democratic de către cler și popor, aceasta fiind prima alegere populară în biserica rusă, fiind ridicat la rangul de mitropolit.
Biserica a încercat să mențină o poziție neutră în timpul Războiului Civil, iar mitropolitul a fost unul dintre puținii oameni din Rusia care nu era interesat de politică, însă întreaga instituție a fost considerată periculos de contrarevoluționară de către autoritățile sovietice.
Adevăratul conflict cu puterea de la Moscova a apărut în 1922, când oficialii au cerut bisericii să predea toate obiectele de valoare statului pentru a sprijini eforturile în combaterea foametei. Biserica rusă a fost de acord, dar a refuzat să cedeze anumite obiecte de o deosebită relevanță religioasă sau istorică.
Mitropolitul Veniamin nu s-a opus predării bogățiilor bisericii pentru că a considerat că este de datoria sa să ajute la salvarea de vieți omenești, dar a insistat ca acest lucru să fie voluntar și să nu se transforme într-o jefuire a proprietăților clerului de către bolșevici.
Pe 6 martie, mitropolitul s-a întâlnit cu o comisie responsabilă cu ajutorarea săracilor și a fost înștiințat cu privire la planul privind împărțirea fondurilor controlate de parohii. Ziarele au lăudat clerul și pe Veniamin pentru spiritul lor caritabil, iar în aprilie mitropolitul a ajuns la o înțelegere cu oficialii partidului comunist. Cu toate acestea, liderii politici de la Moscova nu au mai fost de acord cu proiectul inițial și au declarat că vor recurge la confiscarea tuturor proprietăților bisericii. Revoltați, enoriașii s-au adunat în oraș strigând și aruncând cu pietre în agenții bolșevici care jefuiau lăcașurile de cult.
Pe 24 martie, doisprezece preoți au trădat decizia mitropolitului, l-au numit contrarevoluționar și au cerut predarea necondiționată a tuturor obiectelor de valoare ale bisericii. Veniamin a încercat să calmeze spiritele cerând o întâlnire cu autoritățile prin care spera să ajungă la un acord astfel încât parohiilor să li se permită să-și păstreze măcar vasele sacre. Situația a fost calmată pentru moment, dar, profitând de situația tensionată, unii preoți au încercat să preia controlul bisericii de la Patriarhul Tihon.
Veniamin i-a excomunicat clericii implicați în complot, iar acest lucru i-a înfuriat pe liderii sovietici care l-au amenințat pe mitropolit cu arestarea și execuția. Blândul ieromonah, așteptându-se la ce era mai rău, a reacționat începând să se întâlnească cu prietenii săi pentru a-și lua rămas bun și dându-le instrucțiuni pentru administrarea eparhiei pe viitor.
În aprilie și mai 1922, mai mulți enoriași au fost arestați și judecați sub acuzația că sunt contrarevoluționari pentru că se opuseseră confiscărilor, Veniamin a fost plasat în arest la domiciliu pe 29 mai și ulterior trimis la închisoare. Patriarhul Tihon abdicase pe 12 mai, iar mitropolitul a fost judecat de un tribunal revoluționar împreună cu alți zece inculpați într-un proces care a început pe 10 iunie și s-a încheiat pe 5 iulie.
Când a intrat în sala de judecată pentru proces, mitropolitul i-a binecuvântat pe toți cei prezenți. Inculpații au fost găsiți vinovați și condamnați la moarte, dar sentințele a șase dintre ei au fost ulterior comutate la închisoare pe viață de Biroul Politic al partidului. Când li s-a dat, pe rând, șansa de a-și spune ultimul cuvânt, înaltul călugăr s-a adresat judecătorilor spunându-le doar că l-a întristat să fie numit dușman al poporului pe care l-a iubit întotdeauna și căruia i-a dedicat viața.
În noaptea de 12 spre 13 august 1922, după ce prelații au fost bărbieriți și îmbrăcați în zdrențe, astfel încât plutonul de execuție să nu știe că împușcă membri ai clerului, Veniamin, arhimandritul Serghie, Yury Novitsky și John Kovsharov au fost uciși, trupurile lor fiind aruncate apoi într-o groapă comună.
Cenotaful mitropolitului Veniamin se află în Cimitirul Nikolskoe din Lavra Alexander Nevsky. Părintele a fost canonizat în 1992 de Biserica Ortodoxă Rusă, iar decretul de canonizare arată că, dacă rămășițele sale pământești vor fi găsite vreodată, să fie considerate sfinte moaște.
