Margareta s-a născut pe 11 aprilie 1492 și a fost cel mai mare copil al Louisei de Savoia și al lui Charles, Conte de Angoulême, tatăl ei fiind descendent al regelui Carol al V-lea și, deci, succesor la coroana Franței.
La doi ani după nașterea ei, familia s-a mutat de la Angoulême la Cognac, contele a murit după încă doi ani, iar fratele Margaretei, Francisc, a devenit moștenitorul prezumptiv al tronului.
Datorită mamei, rămasă văduvă la numai 19 ani, prințesa a primit o educație clasică, având profesori care i-au oferit lecții de limba latină, literatură și muzică, iar tânăra avea să fie mai târziu numită “Maecenas” de învățații de la curtea regelui Franței. La vârsta de 17 ani, Margareta s-a căsătorit cu Charles al IV-lea de Alençon, un tânăr de 20 de ani, printr-un decret semnat de regele Ludovic al XII-lea, dar din căsătorie nu au rezultat copii.
După decesul soțului, în 1525, Margareta s-a recăsătorit cu regele Henric al II-lea, care domnea în Navara Inferioară, și pe 16 noiembrie 1528 a născut o fiică, pe viitoarea Ioana a III-a de Navara, care a devenit mama regelui Henric al IV-lea al Franței.
Prințesa stăpânea toate secretele diplomației și s-a implicat personal în eliberarea fratelui ei, Francisc I, când acesta a fost ținut prizonier în Spania de împăratul Carol al V-lea, după ce fusese luat ostatic în bătălia de la Pavia din 1525.
În cursul perioadei critice a negocierilor, Margareta a mers călare prin pădure iarna, timp de douăsprezece ore, pentru a-i negocia eliberarea, dar împăratul Carol al V-lea și cancelarul său, Mercurin Gattinara, nu au acceptat răscumpărarea oferită, ci au cerut retrocedarea Burgundiei, un teritoriu disputat de mulți ani.
Singurul ei fiu, Jean, s-a născut la Blois pe 7 iulie 1530, când regina de Navara avea deja 38 de ani, dar băiatul a murit în ziua de Crăciun în același an. Se pare că durerea pricinuită de pierderea copilului a făcut-o pe suverană să scrie cea mai controversată lucrare a sa, “Miroir de l’âme pécheresse”, în 1531. Teologii de la Sorbona au condamnat lucrarea ca fiind o erezie, iar un călugăr a spus chiar că Margareta ar trebui să fie băgată într-un sac și aruncată în Sena.
Ca patroană generoasă al artelor, regina s-a împrietenit și a protejat mulți artiști și scriitori, printre care Leonardo da Vinci (care a murit în timp ce era oaspetele suveranilor de Navara), Francois Rabelais, Clement Marot, Claude de Bectoz și Pierre de Ronsard.
Protectoare a umaniștilor și reformatorilor, regina a fost o figură remarcabilă a Renașterii franceze, motiv pentru care Samuel Putnam a considerat-o “prima femeie modernă”. Deși a susținut reforma în cadrul Bisericii Catolice, nu era calvinistă, dar a făcut tot posibilul pentru a-i proteja pe reformați și l-a descurajat, atât cât a putut, pe fratele ei să ia măsuri radicale împotriva acestora.
În timp, influența ei politică a scăzut, iar la sfârșitul anului 1542 Margareta s-a retras la Mont-de-Marsan, reședința ei devenind loc de rugăciune și meditație. Regina a murit la vârsta de 57 de ani, pe 21 decembrie 1549, din cauza unei inflamații a plămânilor, și a fost înmormântată pe 10 februarie 1550 în catedrala din Lescar, necropola regilor de Navara.
