Jean de la Fontaine s-a născut la Château-Thierry, în Champagne, pe 8 iulie 1621, într-o familie înstărită din clasa de mijloc și a fost educat la colegiul din orașul Reims, apoi a studiat Dreptul la Paris.
În 1647, tatăl său i-a aranjat o căsătorie de conveniență cu Marie Héricart, care avea doar 14 ani, pentru că era interesat de averea tinerei, care a adus o zestre de 20.000 de livre în căsnicie. Jean de La Fontaine și soția sa au avut un singur fiu, pe Charles, dar mariajul a fost nefericit. Scriitorul a părăsit-o repede pe Marie și a plecat la Paris, unde a frecventat societatea mondenă și cercurile artistice.
În 1657, îi dedica versuri lui Nicolas Fouquet, unul dintre cei mai influenți oameni de la curtea regelui Ludovic al XIV-lea, și, prin intermediul acestuia, a ajuns în anturajul suveranului. În acea perioadă Fouquet era un adevărat Mecena pentru poeții francezi, astfel că La Fontaine a primit, datorită lui, o pensie de 1.000 de livre, în schimbul căreia se obliga să scrie o serie de poeme. Fouquet, care era superintendent al finanțelor regale, a căzut însă în dizgrația regelui și a fost arestat din ordinul lui Ludovic al XIV-lea pe 5 septembrie 1661, iar La Fontaine a fost nevoit să-și găsească un nou protector. Acesta a fost ducele de Bouillon, proprietarul domeniului Château Thierry, apoi susținătoarea fabulistului a devenit Marie Anne Mancini, ducesă de Bouillon, cea mai tânără dintre nepoatele cardinalului Mazarin. În ianuarie 1663, Jean de La Fontaine a scris poemul „Odă regelui”, prin care, într-un mod subtil, cerea clemență pentru primul său protector, Nicolas Fouquet, dar nu a reușit decât să atragă antipatia lui Jean-Baptiste Colbert, noul favorit al suveranului, care devenise responsabil de finanțele regatului.
Un an mai târziu La Fontaine a fost înnobilat, primind un „brevet de gentilom” și a intrat oficial în serviciul ducesei de Orléans, Marguerite de Lorraine, care era mama ducelui de Bouillon, protectorul său, și astfel a continuat să se ocupe doar de scrierile sale fără nicio grijă materială. La moartea ducesei de Orléans, în 1672, a fost pentru scurt timp într-o situație îngrijorătoare, dar și-a găsit repede o nouă protectoare, pe prințesa Marguerite de La Sablière. În plus, a obținut și susținerea marchizei de Montespan, metresa regelui Ludovic al XIV-lea, căreia i-a dedicat noi volume din „Fabule alese”.
În martie 1688, Madame de la Sablière, protectoarea oficială a lui Jean de La Fontaine, s-a îmbolnăvit grav și și-a abandonat reședința oficială din strada Saint Honoré, dar i-a lăsat în folosință lui La Fontaine o casă mai mică, anexă a palatului.
Un an mai târziu, La Fontaine a scris fabula „Șoimul, regele și vânătorul”, pe care i-a dedicat-o Prințului de Conti cu ocazia căsătoriei acestuia și astfel a devenit un apropiat al familiei Vendôme și a obținut, din nou, un protectorat care îi asigura suficiente resurse financiare pentru a se putea ocupa doar de literatură.
Fabulistul a murit pe 13 aprilie 1695, la vârsta de 74 de ani, și a fost înmormântat alături de bunul său prieten, Molière, care murise cu douăzeci și doi de ani în urmă, în Cimitirul Saints-Innocents. În 1817, rămășițele celor doi mari scriitori au fost mutate la Cimitirul Père Lachaise, mormintele lor fiind alăturate.