Maria Fortunata d’Este s-a născut pe 24 noiembrie 1731 la Palatul Ducal din Modena, fiind al optulea copil al lui Francesco al III-lea d’Este, Duce de Modena, și al tinerei lui soții, Charlotte Aglaé d’Orléans, Mademoiselle de Valois, nepoata regelui Ludovic al XIV-lea al Franței.
Maria Fortunata era foarte pioasă, timidă, însă avea un farmec deosebit. Charlotte s-a separat de soțul ei în anii 1740, după ce avusese o aventură cu Ducele de Richelieu, fiind apoi exilată în Franța. De aici ducesa repudiată a reușit să aranjeze mariajele fiicelor ei, făcând înțelegeri foarte convenabile, astfel că prima născută, Maria Teresa Felicitas, s-a căsătorit cu vărul ei de gradul al doilea, Ducele de Penthièvre, cel mai bogat om din Franța, iar Maria Fortunata s-a căsătorit cu un alt văr de gradul al doilea, Louis François Joseph de Bourbon, moștenitorul Prințului de Conti.
Louis François, cunoscut la curte sub titlul de contele de La Marche, era un bărbat inteligent și influent, iar contractul de căsătorie a fost semnat la Milano pe 3 ianuarie 1759 de către ambasadorul francez la curtea de la Torino. Nunta prin procură a avut loc la Milano pe 7 februarie în același an și a fost celebrată în persoană pe 27 februarie la Nangis-en-Brie, în Franța. Tatăl Mariei Fortunata i-a oferit o zestre de un milion de livre și, în plus, la sosirea tinerei în Franța, soțul ei a primit un cadou de 150.000 de livre de la regele Ludovic al XV-lea. Contesa de La Marche a fost prezentată regelui, reginei și restului familiei regale pe 5 martie 1759 de către Prințesa de Conti, bunica văduvă a soțului ei.
Cuplul nu a avut copii și toată lumea a considerat că această situație se datora influenței amantei soțului ei, Marie Anne Véronèse, cunoscută drept Mademoiselle Coraline. Véronèse era dansatoare la un teatru italian, iar Louis François și amanta lui au avut împreună doi copii nelegitimi, născuți în 1761 și 1767.
În 1768, Mariei Fortunata i s-a cerut să o prezinte pe nepoata ei, Louise Marie Adélaïde de Bourbon, Mademoiselle de Penthièvre, regelui și curții regale și, în cele din urmă, aceasta se va căsători cu Louis Philippe Joseph d’Orléans, Duce de Chartres, viitorul Philipe Égalité, în aprilie 1769.
În 1770 a avut loc căsătoria Delfinului Franței, viitorul Ludovic al XVI-lea, cu Arhiducesa Maria Antoaneta, iar Marie Fortunée, așa cum era cunoscută în Franța, și soțul ei au fost unul dintre cele 12 cupluri invitate să ia masa cu tinerii căsătoriți la Palatul Versailles.
În iunie 1777, la scurt timp după decesul socrului, Maria Fortunata și Louis François s-au separat oficial. După doi ani, în 1780, contesa a achiziționat Château de Triel, care avea să devină reședința ei preferată. În timpul Revoluției franceze din 1789, prințesa a sprijinit familia regală și chiar a luat parte la un marș către Biserica Saint Louis, dar mai târziu, speriată de atrocitățile la care era supusă familia imperială, a decis să părăsescă țara, călătorind incognito sub numele de contesă de Triel. După ce s-a refugiat mai întâi la Bruxelles, s-a stabilit în cele din urmă la Chambéry, pe atunci parte a Regatului Sardiniei, și apoi s-a mutat la Fribourg, un mic sat din Elveția, unde locuiau mulți emigrați francezi.
În 1794, a găzduit-o pe strănepoata sa, Adélaïde d’Orléans, care reușise să fugă din Franța, în timp ce mama tinerei, ducesa d’Orléans, fusese închisă la Palatul Luxembourg din Paris.
În primăvara anului 1800, cele două și familiile lor au fost nevoite să fugă din nou, de această dată în Ungaria, pentru a evita răzbunarea lui Napoleon. Maria Fortunata d’Este a decis să se retragă mai târziu la Convent of the Visitation, în Veneția, împreună cu trei dintre slujnice și cu prietena sa credincioasă, contesa des Roches, care o însoțise pe tot parcursul exilului prin Europa. Bolnavă de pleurezie, prințesa a murit pe 21 septembrie 1803, la vârsta de 61 de ani, și a fost înmormântată în capela mănăstirii.
