Maria Sofia de Bavaria s-a născut pe 4 octombrie 1841 și a fost unul din cei zece copii ai Ducelui Maximilian Joseph de Bavaria și ai Prințesei Ludovika de Bavaria și sora mai mică a împărătesei Sisi a Austriei, căreia îi semăna foarte mult. Tânăra s-a căsătorit din motive politice cu prințul moștenitor Francisc, fiul regelui Ferdinand al II-lea al celor Două Sicilii, căsătoria prin procură având loc la Munchen pe 9 ianuarie 1859.
Patru zile mai târziu, pe 13 ianuarie, Maria a plecat spre Viena, unde s-a întâlnit cu împărăteasa Elisabeta, apoi s-a îndreptat spre Trieste la bordul unei nave și a ajuns la Bari, unde a fost așteptată de socrul ei, regele Ferdinand al II-lea, de Ducele de Calabria, noul soț, de cei nouă frați vitregi ai acestuia și de regina Maria Tereza, a doua soție a suveranului. Aceasta era, de fapt, conducătoarea familiei și îl dirija inclusiv pe prințul moștenitor cu autoritatea prin care își impunerea ideile sale ultra-conservatoare.
Ducele de Calabria era un tânăr interesat doar de religie și de viețile sfinților și nu vorbea germana, iar tânăra sa soție nu vorbea deloc italiana. Pentru că suferea de fimoză, căsătoria lor nu s-a putut consuma timp de mulți ani. După câteva luni, la decesul bătrânului suveran, soțul ei a devenit regele Francisc al II-lea al celor Două Sicilii, iar Maria a fost încoronată regină la vârsta de 17 ani, dar cuplul regal a rămas sub autoritatea soacrei. Anul următor, Regatul celor Două Sicilii a fost invadat de armatele lui Giuseppe Garibaldi, iar tânăra a devenit sufletul rezistenței în timp ce armatele soțului ei, depășite de situație, se refugiaseră la Gaeta.
Din păcate, apelul disperat pe care l-a făcut la cumnatul ei, împăratul austriac Franz Joseph I, soțul lui Sisi, care devenise în acea perioadă foarte nepopular după înfrângerile de la Solferino și Magenta, a rămas fără efect.
Familia regală a fost nevoită să urmeze corpul diplomatic și nunțiul papal și să se retragă în fortăreața de la Gaeta, iar Victor Emanuel al II-lea a fost proclamat rege al Nepolelui și apoi al întregii Italii.
Regatul celor Două Sicilii a fost anexat noului regat unit în urma unui referendum, iar familia regală a trebuit să-și caute refugiul în ceea ce mai rămasese din Statele Papale.
În timpul exilului la Roma, Maria s-a îndrăgostit de un ofițer al gărzii papale, Armand de Lawayss, și a rămas însărcinată. S-a retras la casa părinților ei, la Possenhofen, unde consiliul familiei a decis să nască în secret, pentru a preveni izbucnirea unui scandal. Pe 24 noiembrie 1862 fosta regină a adus pe lume o fetiță, Daisy, la mănăstirea St. Ursula din Augsburg, iar copilul a fost dat imediat familiei iubitului ei. Prințesa a trebuit să promită că nu o să-l mai vadă niciodată pe Armand, iar acest lucru a afectat-o profund. În ultimii ani ai vieții a suferit de depresie severă și se pare că motivul a fost acest eveniment tragic al tinereții ei.
Un an mai târziu, la sfatul familiei, Maria Sofia i-a mărturisit soțului aventura și după un timp relația celor doi s-a îmbunătățit. Francisc a fost supus unei intervenții chirurgicale și în urma operației a reușit să-și consume căsătoria, iar Maria a rămas însărcinată pentru a doua oară, de data aceasta cu soțul ei. Pe 24 decembrie 1869, după zece ani de mariaj, prințesa a adus pe lume o fiică, pe Maria Cristina Pia, mica prințesă venind pe lume de ziua mătușii ei, împărăteasa Sisi a Austriei, care i-a devenit nașă. Din păcate, copilul a trăit numai trei luni, murind pe 28 martie 1870, iar cuplul nu a mai avut alți copii.
În 1870, Roma a căzut în fața forțelor italiene și suveranii celor Două Sicilii au plecat în Bavaria. Francisc al II-lea a murit în 1894, iar Maria Sofia, rămasă văduvă, a trăit la Munchen și apoi a plecat la Paris, unde a prezidat curtea Bourbon în exil, primind sprijinul financiar al familiei Rothschild.
Fosta regină a supraviețuit Primului Război Mondial și căderii monarhiilor austriece, germane și ruse și nu a ezitat să o învinovățească pe nepoata sa, prințesa Marie-José a Belgiei, pentru logodna cu prințul moștenitor al Italiei, pe care a considerat-o o trădare. La un moment dat au apărut zvonuri că ar fi fost implicată în asasinarea regelui Umberto I în 1900, în speranța că va destabiliza noul stat italian, dar aceste speculații nu aveau niciun fundament.
De fiica ei naturală, Daisy de Lavaysse, se știe că a fost crescută de familia paternă în sud-vestul Franței și că o dată pe an copila era trimisă la Possenhofen, pentru a se întâlni discret cu mama ei. Daisy a murit înaintea Mariei Sofia, pentru că fosta regină a fost văzută la înmormântarea fiicei, la Biserica Madeleine din Paris, un eveniment care a uimit presa la acel moment.
Regina detronată a celor Două Sicilii a murit la Munchen, pe 19 ianuarie 1925, iar în 1984 rămășițele ei au fost depuse alături de cele ale soțului, în biserica Santa Chiara din Napoli, necropola regilor celor Două Sicilii.
