Atestat documentar ca sat de ţărani liberi, Cotroceni sau Cotrăceni, așa cum este consemnat în hrisovul lui Radu-vodă Mihnea din 27 noiembrie 1614, a fost luat “pe seama domniei” în timpul lui Mihai Viteazul. El exista, așadar, încă din secolul al XVI-lea sau chiar al XV-lea sau poate chiat mult mai înainte, dacă luăm în calcul tulburătoarea mărturie obţinută în timpul săpăturilor efectuate pe latura de sud a incintei principale.
A fost identificată aici o vatră a unei locuinţe din epoca neolitică, fiind prelevate câteva bucăţi de cărămidă arsă şi o piesă din silex. Relevant este faptul că decoraţia uneia dintre aceste vestigii ceramice este identică celei de pe mânerul unui ulcior, şi el descoperit cu prilejul săpăturilor, alături de alte obiecte (monede, sfeşnice, pipe, ulcele, căni, platouri) ce datau din secolul al XVII-lea.
Între ele au fost găsite şi nişte piese din Murano care nu puteau fi aduse la Cotroceni decât de domnitor sau de membrii familiei sale, instruiţi în principal în şcolile şi universităţile din nordul Italiei. Era, deci, odinioară “o nestemată ascunsă în inima codrului, după spusele lui Nicolae Iorga, care şi-a purtat strălucirea, viaţa şi mândria din veacurile încheiate”.
Cronicile şi însemnările timpului vorbesc cu multă elocinţă despre deschiderea fără precedent către Occident, pe de-o parte prin asimilarea masivă a cunoştinţelor dobândite în înaltele şcoli italieneşti, pe de altă parte prin cultivarea unor intense relaţii diplomatice cu înalta curte de la Viena, ca expresie a ambiţiei voievodului Şerban şi, în egală măsură, a abilităţii subtilului şi cultivatului stolnic Constantin Cantacuzino, fratele domnitorului.
Dar cea mai convingătoare dintre cronici este reprezentată de zidurile timpului, cu taina lor, căci “dintre toate cronicile, singurele care nu mint sunt construcţiile” cum spunea G. M. Cantacuzino.
Este de consemnat faptul că fratele lui Şerban Cantacuzino, stolnicul Mihai, care făcuse studii de arhitectură la Padova, a fost numit ispravnic la această primă lucrare realizată de vodă după urcarea în scaunul domniei. Constantin Brâncoveanu, nepot şi urmaş al lui Şerban, a procedat la fel în cazul ctitoriei sale de la Hurezi (1694), desemnându-l ca ispravnic pe unchiul său, acelaşi Mihai Cantacuzino stolnicul, ajutat de un alt vlăstar cantacuzin, Pârvu, văr al domnitorului după mamă, şi el şcolit la universităţile din Padova şi Ravenna.
Sub aceste auspicii s-au ridicat casele domneşti, cele egumeneşti, chiliile şi mai ales biserica acestui deosebit ansamblu de arhitectură românească. Înainte de momentul ridicării bisericii, pe acest loc aflat într-un luminiş al codrilor Cotrocenilor a fost un schit închinat sfinţilor Serghie şi Vach, unde în anul 1669 s-a ţinut soborul unei răscoale a boierilor condusă de Şerban Cantacuzino, pe atunci mare spătar, pentru a cere sultanului “curăţirea pământului de greci, spre a reveni la bunele datini de pe vremea lui Vodă Matei bătrânul”.
Mai târziu, prigonit fiind, a stat ascuns tot aici timp de trei zile şi, scăpând de furia domnitorului Gheorghe Duca, s-a angajat în faţa lui Dumnezeu ca, devenind domn, să ridice o mănăstire, ca semn de recunoştinţă. Zidirea mănăstirii a început în ziua de 26 mai 1679, dată consemnată pe pisania de deasupra portalului de intrare în biserică și pe pisania-stemă de pe turnul clopotniţă.
Încă de la început, Mănăstirea Cotroceni a stârnit admiraţie, așa cum dovedesc scrierile lăsate de cărturarii vremii sau de călătorii străini care au vizitat-o. Învățatul grec Heiladus vorbea despre “minunata mănăstire Cotroceni” într-o scurtă descriere, iar în timpul domnitorului Constantin Brâncoveanu, în primăvara anului 1702, englezul Edmund Chisthall, trecând pe aici, a lăsat ca mărturie o amplă prezentare a ansamblului.
Mănăstirea “este socotită cea mai frumoasă din toate cele clădite în acest ţinut de domnii de acum ori dinainte”, consemna călătorul, “are forma unui dreptunghi alungit, zidit de blocuri de piatră cioplită, despărţită în chilii pentru vreo patruzeci de călugări, cu locuinţă pentru stareţ, o sală de masă comună, cuhnie, ca şi alte încăperi pentru găzduirea străinilor”. În termeni elogioşi a vorbit şi Anton Maria del Chiaro la începutul veacului al XVIII-lea, pomenind de “marile clădiri” ale “frumoasei mănăstiri Cotroceni”.
Șerban Cantacuzino a domnit timp de 10 ani în Țara Românească și și-a înscris cu slove de aur numele în istoria neamului, mai ales prin activitatea culturală și religioasă. El ne-a lăsat școala de la Sf. Sava, mănăstirea de la Cotroceni și, în plus, Biblia, pentru prima oară tradusă în limba română, tălmăcirea fiind făcută o comisie de învățați plătită din banii săi.
Domnitorul a fost un om îndrăzneț și mândru. Cu toate că a fost nevoit să participe, alături de turci, la asediul Vienei, în inima sa a rămas prieten creștinilor, ajutându-i cu știri din tabăra turcească și cu îndemnuri bune. După retragerea vizirului Kara Mustafa, a intrat în tratative cu împăratul Leopold, pentru a înlocui jugul turcesc cu protectoratul austriac.
În schimb, Leopold avea să garanteze familiei Cantacuzino tronul Țării Românești, dar în timpul tratativelor, pe 29 octombrie 1688, Șerban a murit pe neașteptate. Cei mai mulți istorici sunt de părere că a fost otrăvit de către adversarii politicii austrofile pe care o inaugurase chiar el. Moartea lui, spun cronicile, a îmbrăcat țara întreagă în doliul cel mai adânc.
Dintre cei șapte copii ai lui Șerban Cantacuzino și ai domniței Maria au rămas informații despre Casandra, prima soție a lui Dimitrie Cantemir, Smaranda, căsătorită cu Istrate Urdăreanul, Maria, căsătorită cu Constantin Bălăceanu, căruia împăratul Leopold i-a dat titlul de Grof, Gheorghe, ajuns mai târziu ban al Craiovei, și mezina Bălașa, căsătorită cu un anume Grigorie Vlasto. Ctitorul şi o parte din familia sa au folosit Mănăstirea Cotroceni ca necropolă, trupurile lor fiind aşezate sub lespezile tombale în pronaosul bisericii, fiind vegheate de chipurile sfinţilor pictaţi de Pârvu Mutu.
