Francisco de Braganza s-a născut pe 7 septembrie 1879 la Meran, în Tirolul de Sud, fiind al doilea fiu al pretendentului la tronul Portugaliei, Miguel, Ducele de Braganza, și al primei lui soții, Prințesa Elisabeta de Thurn și Taxis.
Ca și tatăl său, Francisco a urmat cariera militară și a servit într-un regiment în armata austro-ungară. În octombrie 1900, în timp ce era locotenent de husari, a fost pedepsit de către nașul său, împăratul Franz Joseph, pentru că îl înfruntase pe un bătrân colonel care îl chemase la ordine pentru încălcarea normelor militare. Ca urmare, tânărul Francisco a fost eliminat de la husari și transferat la un regiment de dragoni, fiind trimis să își îndeplinească îndatoririle în sate sărace și pustii, de-a lungul frontierei austro-ruse.
În august 1902 prințul a plecat la Londra pentru a participa la încoronarea regelui Eduard al VII-lea, iar pe 11 septembrie a fost pus sub acuzare de Tribunalul Penal pentru că a comis un act de indecență cu un băiat de cincisprezece ani. Un martor a afirmat că a făcut o gaură în ușa dormitorului și că i-ar fi văzut pe Francisco José și pe adolescent în pat. Mărturia a fost contrazisă de poliție care a spus că prin gaura ușii nu era posibil să se vadă decât 23 de cm din pat, juriul l-a considerat nevinovat, dar suspiciunea de comportament imoral a rămas agățată de reputația lui.
Ca urmare a acestui scandal, Francisco José a fost obligat să demisioneze din armată, curtea austriacă i-a modificat statutul juridic, lipsindu-l de drepturile civice și a plasat administrarea veniturilor în mâinile cumnatul lui, Charles Louis de Thurn și Taxis. Necazurile tânărului nu s-au oprit aici. În noiembrie 1909 a fost înșelat cu 325.000 de lire de către un impostor care se dădea drept Frederick Vanderbilt, din celebra familie Vanderbilt. Individul, al cărui nume real era William Lackerstein Joachim, îl întâlnise pe Francisco José la Paris, în aprilie 1909, o lună mai târziu s-au revăzut la Viena și șarlatanul i-a făcut prințului o serie de propuneri, una dintre ele fiind oferta de a achziționa un număr mare de smaralde la un pret bun.
Joachim și Francisco José s-au întâlnit la Berlin pentru a perfecta afacerea cu smaralde, dar între timp impostorul a găsit o nouă modalitate de a-l înșela de și mai mulți bani. I-a făcut cunoștință cu doi ingineri de exploatare minieră și a reușit să-l convingă să achiziționeze acțiuni la o compania despre care spunea că o deţine în majoritate, cei doi fiindu-i asociați. 
Pentru smaraldele ipotetice și acțiunile inexistente, Francisco José de Braganza a plătit în total 325.000 de lire. Curând prințul a înţeles că a fost tras pe sfoară și a decis să-l dea în judecată pe escrocul care l-a păcălit atâta vreme, reuşind să-și recupereze o parte din bani.
În timpul Primului Război Mondial Francisco José a luptat în armata austro-ungară și a fost capturat și închis pe insula Ischia, în apropiere de Napoli, unde a murit în scurt timp, pe 15 iunie 1919, din cauza unei insuficiențe cardiace.
