Nagako s-a născut pe 6 martie 1903 la Tokyo și a fost fiica prințului Kuniyoshi și a prințesei Chikako, o familie care făcea parte din ramura Ōke a casei imperiale a Japoniei, eligibilă pentru a oferi un moștenitor tronului.
În copilărie, a urmat secția pentru fete a școlii din Tokyo, o instituție înființată special pentru fiicele aristocrației și ale familiei imperiale, printre colegele sale aflându-se prințesa moștenitoare Bangja din Coreea. După ce a fost logodită formal, la vârsta de paisprezece ani, cu prințul moștenitor Hirohito, a fost retrasă din școală și a început un program de formare de șase ani pentru a fi pregătită să devină împărăteasă, primind lecții de literatură chineză și japoneză, limba franceză, caligrafie, compoziție poetică și etichetă.
Logodna cu viitorul împărat a fost aranjată de părinți, iar cariera militară nepătată a tatălui ei a favorizat alegerea prințesei. În 1917, Nagako și alte tinere eligibile au participat la o ceremonie de ceai la Palatul Imperial, în timp ce prințul moștenitor stătea ascuns după draperii într-o cameră alăturată, el fiind cel care a ales-o, în ultima etapă a selecției, pe adolescentă.
Nagako s-a căsătorit cu prințul Hirohito pe 26 ianuarie 1924, iar doi ani mai târziu, pe 25 decembrie 1926, a devenit împărăteasă a Japoniei. “Cu prilejul vizitei pe care, în calitate de reprezentant al împăratului Japoniei, ne-a făcut-o prințul Haruhiko Higashi-Kuni, vom nota una din datinele străvechi ale Imperiului lui Soare-Răsare și care a fost observată și cu prilejul recentei căsătorii a Regentului Hiroshito cu Principesa Nagako.
E vorba de ritulul zis al sandalelor de lac, a cărui îndeplinire a fost prinsă pe instantaneul ce reproducem. Tânăra mireasă e înfăţişată în momentul când părăseşte casa părintească, spre a se urca în automobilul care urmează s-o conducă la palatul imperial. E îmbrăcată cu o mantie de mătase bogat brodată, iar fruntea îi e încinsă cu o diademă de nestemate. Înainte de a trece pragul, ea, conform datinei, trebuie să încalţe ritualele sandale de lac. Două din damele de onoare ale Curţii i le pun în picioare.
În ziua nunţii, Principesa s-a sculat la 3 dimineaţa şi, timp de două ore, până la 5, s-a rugat în faţa altarului strămoşilor. Apoi, pentru cea din urmă dată, a dejunat împreună cu părinţii ei, după care s-a dat pe mâna damelor de onoare, pentru facerea toaletei. La ora 9 s-a dus la palat. E de notat că, în conformitate cu regulele severe ale Curţii, ceremonia cununiei s-a făcut în cea mai strictă intimitate. Nici măcar corpul diplomatic n-a fost invitat. Singura fotografie ce s-a putut lua e aceea a ritmului sandalelor de lac, care a precedat căsătoria propriu-zisă. De la ceremonia care a avut loc în templu nu există nici o vedere fotografică, pentru că pietatea japoneză consideră atari indiscreţiuni ca un adevărat sacrilegiu…”, nota presa de la București în 1924, când România a fost gazda prințului Higashi Kuni, un eveniment relatat pe larg de ziarele bucureștene.
Spre deosebire de predecesorii săi, împăratul a decis să renunțe la toate cele 39 de concubine pe care le avea și să i se dedice în exclusivitate soției. În primii zece ani ai mariajului, împărăteasa Nagako a adus pe lume patru fiice și abia pe 23 decembrie 1933, la aproape zece ani de la nuntă, cuplul a avut un fiu care a devenit moștenitorul Japoniei, prințul Akihito, acum împărat emerit. În total, Hirohito și Nagako au avut șapte copii, cinci fete și doi băieți.
Împărăteasa și-a îndeplinit îndatoririle oficiale într-un mod tradițional, a participat la toate evenimentele speciale, l-a însoțit pe Hirohito în turneul său european din 1971 și mai târziu în vizita de stat în Statele Unite din 1975. În aprilie același an, Elena și Nicolae Ceaușescu au fost primiți într-o vizită oficială de stat la Palatul Imperial din Tokio
Doi ani mai târziu, împărăteasa a căzut și s-a lovit grav la coloana vertebrală, iar în 1980 a suferit un accident care a forțat-o să rămână într-un scaun cu rotile pentru tot restul vieții. După moartea împăratului, pe 7 ianuarie 1989, rămasă văduvă și neavând o stare de sănătate prea bună, a decis să nu mai participe la evenimentele oficiale.
La momentul decesului, pe 16 iunie 2000, Nagako avea vârsta de 97 de ani și era cea mai longevivă împărăteasă a Japoniei, cu o domnie de 74 de ani, doborând recordul împărătesei Kanshi, care murise cu 868 de ani mai devreme. Împăratul Akihito i-a acordat mamei sale titlul postum de împărăteasă Kōjun, care înseamnă “puritate parfumată”.