Pictorul s-a născut pe 12 iunie 1890 la Tulln, în Austria Inferioară. Tatăl lui, Adolf Schiele, era șeful gării orașului, angajat al căilor ferate austriece, iar în copilărie Egon a fost fascinat de trenuri și petrecea ore în șir desenându-le. Pentru că devenise obsedat de schițele sale, la un moment dat părinții i-au distrus planșele.
Când avea 11 ani, a fost trimis în orașul Krems, care se afla în apropiere, pentru a urma școala secundară. Schiele era considerat un copil ciudat, era timid și rezervat, nu învăța deloc bine și mai târziu se pare că a avut tendințe incestuoase față de sora mai mică, Gertrude. Tatăl, conștient de problemele de comportament, a fost la un moment dat forțat să spargă ușa camerei în care Egon se încuiase cu Gerti, dar a descoperit că adolescentul îi făcea portretul micuței.
Când viitorul artist avea 14 ani, tatăl a murit de sifilis și copiii au fost preluați de unchiul matern, Leopold Czihaczek, și el funcționar feroviar. Acesta și-a dat seama că Egon are talent la desen și i-a oferit posibilitatea de a lua lecții de pictură de la Ludwig Karl Strauch.
În 1906, tânărul s-a înscris la Școala de Arte și Meserii din Viena, unde studiase cândva și Gustav Klimt, dar a renunțat la cursuri trei ani mai târziu. În acea perioadă l-a căutat pe Klimt, care era preocupat de artiștii tineri și care l-a plăcut pe tânărul Egon, i-a cumpărat desenele și l-a recomandat Asociației Wiener Werkstätte. În 1908, Schiele a avut prima expoziție, apoi a fondat Neukunstgruppe („New Art Group”), împreună cu alți studenți, tinerii fiind puternic influențați de Klimt și Kokoschka.
Operele lui erau considerate îndrăznețe, în 1910 a început să picteze nuduri, dar lucrările au fost considerate deranjante pentru morala publică. Este perioada în care a întâlnit-o pe Walburga Valerie (Wally) Neuzil, o tânără în vârstă de 17 ani, care s-a mutat în apartamentul lui din Viena, fiindu-i model pentru unele dintre cele mai cunoscute picturi. Se cunosc foarte puține lucruri despre această femeie, cu excepția faptului că lucrase înainte pentru Gustav Klimt și că ar fi putut fi una dintre amantele acestuia.
Egon Schiele și Wally au vrut să scape de ceea ce ei considerau a fi „mediul vienez claustrofobic” și s-au stabilit în micul oraș Krumau din sudul Boemiei, dar au fost alungați de aici de localnici, care nu erau de acord cu stilul lor de viață și se împotriveau mai ales presupusei angajări a mai multor adolescente din oraș ca modele.
Cuplul s-a mutat ulterior în Neulengbach, la 35 km de Viena, căutând un studio ieftin în care să lucreze. Curând atelierul a devenit un loc de adunare pentru mulți tineri din oraș, dar modul de viață al pictorului a stârnit și aici revolta localnicilor.
În aprilie 1912, Schiele a fost arestat pentru că ar fi sedus o copilă de 13 ani. Când polițiștii au venit să-l ridice, au confiscat peste o sută de desene pe care le considerau pornografice, Egon a fost închis, dar în timpul procesului acuzațiile de seducere și răpire a unei minore au fost retrase, fiind găsit vinovat doar pentru expunere de desene erotice într-un loc accesibil copiilor.
În instanță, judecătorul chiar a ars una dintre lucrările ofensatoare cu o lumânare, pentru a-și exprima dezaprobarea față de stilul artistului. Egon petrecuse deja 21 de zile în arest, așa că a fost condamnat la încă trei zile de închisoare, iar după eliberare s-a mutat la Viena.
În 1914, le-a întâlnit pe surorile Edith și Adéle Harms, care locuiau cu părinții vizavi de atelierul lui din districtul Hietzing. Familia fetelor era protestantă, făcea parte din clasa de mijloc vieneză și nu a văzut cu ochi buni apropierea artistului controversat de cele două copile. Un an mai târziu, Schiele a cerut-o în căsătorie pe Edith, voia să păstreze în paralel și relația cu Wally, prima lui iubită, însă când i-a spus acesteia ce intenții are, femeia l-a părăsit imediat și nu s-au mai întâlnit niciodată.
În ciuda opoziției familiei lui Edith, cei doi s-au căsătorit pe 17 iunie 1915. La trei zile după nuntă, Egon a primit ordin să se prezinte în armată, fiind trimis inițial la Praga, tânăra soție l-a însoțit și s-a cazat la un hotel din oraș, în timp ce el locuia în cazarmă alături de ceilalți recruți, dar comandantul garnizoanei militare le-a permis să se vadă din când în când.
În timpul războiului, a continuat să lucreze, dar s-a orientat spre temele maternității și familiei, soția, Edith, fiindu-i model pentru majoritatea figurilor feminine. A avut expoziții de succes la Berlin, Zürich, Praga și Dresda și, pentru că starea lui de sănătate era precară, a fost numit funcționar militar într-o tabără de prizonieri de război din apropierea orașului Mühling, fiind însoțit în permanență de Edith.
Nu după mult timp, pictorul s-a întors în capitală și s-a putut concentra pe cariera artistică, devenind din ce în ce mai apreciat de criticii de artă. În toamna anului 1918, pandemia de gripă spaniolă, care a făcut peste 20.000.000 de victime în Europa, a ajuns la Viena și Edith, care era însărcinată în șase luni, a murit din cauza bolii pe 28 octombrie. Bolnav și el, Egon Schiele a încetat din viață trei zile mai târziu, pe 31 octombrie. Avea doar 28 de ani.
