Prințul Baudouin al Belgiei s-a născut pe 3 iunie 1869 la Bruxelles, fiind primul copil și fiul cel mare al Prințului Filip, Conte de Flandra, și al soției acestuia, Prințesa Marie de Hohenzollern-Sigmaringen, deci nepot al regelui Leopold al II-lea al Belgiei. După moartea vărului său, tânărul Leopold, Duce de Brabant, cel mai mare și singurul fiu al suveranului, eveniment care s-a întâmplat cu șase luni înainte de nașterea lui Baudouin, suveranul belgian avea un singur succesor, pe fratele lui mai mic, prințul Filip, contele de Flandra.
În acest context complicat pentru dinastia belgiană, nașterea lui Baudouin în iunie 1869 a fost sărbătorită cu multă bucurie în întreaga țară, copilul devenind imediat al doilea în linia la tron, după tatăl său. Sângerosul rege Leopold al II-lea urma să mai aibă un copil, dar va fi o altă fiică, Clémentine, așa că prințul Baudouin a fost crescut și educat pentru a deveni rege. Tânărul a avut parte de o educație bună, a fost instruit de tutori privați în primii ani, apoi a urmat școala militară din Bruxelles, devenind foarte pasionat de tehnicile militare, mai ales pentru că era deosebit de conștiincios și își dorea să devină, când va fi cazul, un rege respectat și competent.
Prințul a urmărit însă cu atenție și evoluția economică și socială a Belgiei, discutând frecvent cu mai mulți profesori universitari despre diverse măsuri legate de sănătatea publică și înființarea unui sistem de pensii pentru muncitori.
În timpul unor mișcări greviste violente, Baudouin a scris: „Trebuie să avem grijă de muncitori, să-i tratăm bine, să le venim în ajutor, altfel ajung în brațele liderilor anarhiști care încearcă să-i atragă în partidul socialist. Cum vă așteptați ca acești oameni, cel mai adesea săraci și ignoranți, să reziste ispitelor pe care le oferă socialiștii?” În timpul unei vizite pe care a făcut-o pe 9 iulie 1890 la Uzinele Couillet, Baudouin a discutat cu salariații despre școli, spitale, fonduri de ajutor și pensii, a intrat în câteva dintre casele muncitorilor și a stat de vorbă cu ei și, deși viziunea lui Baudouin asupra problemelor sociale a fost considerată paternalistă, interesul lui pentru aceștia este sincer.
Pe 16 decembrie 1890 tânărul a participat la ceremonia de admitere a fratelui său mai mic, Albert, la Școala Militară Regală, dar a fost afectat de o durere îngrozitoare în gât, probabul angină sau faringită. Și-a suspendat pentru câteva zile activitatea de la unitatea militară la care se ducea zilnic, dar pe 3 ianuarie 1891 a revenit la cazarmă cu forțe proaspete.
Două zile mai târziu sora lui dragă, Henriette, s-a îmbolnăvit de o formă gravă de pneumonie infecțioasă. În noaptea de 8 spre 9 ianuarie, părinții au chemat preotul pentru a-i da prințesei ultima împărtășanie și, din fericire, tânăra a supraviețuit, chiar dacă starea ei a rămas fragilă. În acea perioadă Baudouin a răcit din nou pentru că mergea de mai multe ori pe zi la patul Henriettei, traversând coridoarele înghețate ale palatului. Pe 17 ianuarie prințul s-a simțit foarte rău, avea febră mare și a fost chemat un medic care l-a diagnosticat cu guturai sau gripă, apoi starea lui generală s-a deteriorat rapid. Pe 22 ianuarie, pe lângă viroză, prințul a dezvoltat o nefrită acută, a făcut hemoragie renală și, apoi, endocardită infecțioasă.
Tânărul a murit pe 23 ianuarie 1891 la ora 1:45 noaptea, înconjurat de familie, iar a doua zi dimineață știrea tragică se-a împrăștiat în tot orașul.
După moartea fulgerătoare a prințului au apărut zvonuri că ar fi fost implicat într-un duel, s-a spus chiar că moartea lui Baudouin ar fi fost o imitație a sinuciderii prințului moștenitor Rudolf al Austriei, dar aceste lucruri nu erau adevărate, apărând probabil din cauza faptului că oamenilor nu le venea pur și simplu să creadă că o banală răceală l-a răpus atât de repede pe iubitul lor prinț.
În următoarele zile lucrările Parlamentului belgian au fost suspendate, iar teatrele și instituțiile publice au fost închise până după înmormântare. Ceremonia funerară a avut loc pe 29 ianuarie 1891, la tristul eveniment fiind prezenți Henric de Prusia, fratele împăratului german, Henry de Battenberg, ginerele reginei Victoria, Frederic-August de Saxonia, Filip de Saxa-Coburg, Leopold de Hohenzollern, fratele contesei de Flandra, și cei doi fii ai săi, Wilhelm și Karl Anton, precum și Frédéric de Hohenzollern. Pe tot traseul cortegiului funerar, mii de oameni s-au adunat pentru a-l plânge pe tânărul print, iar corespondenții ziarelor străine au fost impresionați de doliul general de la Bruxelles, unde majoritatea caselor au fost decorate cu pânză neagră. Slujba de înmormântare a avut loc în catedrala Saints-Michel-et-Gudule, Boudouin fiind depus apoi în cripta regală de la biserica Notre-Dame de Laeken.
Fratele lui mai mic, Albert, a devenit în cele din urmă moștenitor prezumptiv în momentul morții tatălui lor și mai târziu i-a succedat unchiului său, Leopold, devenind regele Albert I al Belgiei.
