Baudouin al Belgiei s-a născut pe 3 iunie 1869 la Bruxelles și a fost primul copil și fiul cel mare al Prințului Filip, Contele de Flandra, și al soției acestuia, Prințesa Marie de Hohenzollern-Sigmaringen, deci nepot al regelui Leopold al II-lea al Belgiei.
Într-un context complicat pentru dinastia belgiană, pentru că suveranul nu acea niciun moștenitor de sex masculin, nașterea lui Baudouin a fost sărbătorită cu multă bucurie în întreaga țară, copilul devenind al doilea în linia de succesiune la tron, după tatăl său.
Sângerosul Leopold al II-lea urma să mai aibă un copil, dar va fi o altă fiică, Clémentine, așa că prințul a fost educat pentru a deveni rege, a fost instruit de tutori privați în primii ani, apoi a urmat școala militară din Bruxelles. În acei ani a fost foarte pasionat de tehnicile militare, mai ales pentru că era deosebit de conștiincios și își dorea să devină, când va fi cazul, un rege respectat și competent.
Prințul a urmărit cu atenție evoluția economică și socială a Belgiei, discutând frecvent cu mai mulți profesori universitari despre proiecte legate de sănătatea publică și de înființarea unui sistem de pensii pentru muncitori.
În timpul unor proteste violente, Baudouin a scris: „Trebuie să avem grijă de muncitori, să-i tratăm bine, să le venim în ajutor, altfel ajung în brațele liderilor anarhiști, care încearcă să-i atragă în partidul socialist. Cum vă așteptați ca acești oameni, cel mai adesea săraci și ignoranți, să reziste ispitelor pe care le oferă socialiștii?”
Cu ocazia unei vizite pe care a făcut-o pe 9 iulie 1890 la Uzinele Couillet, a discutat cu oamenii despre nevoile lor imediate, despre lipsa accesului la educație și despre sistemul medical precar, despre fondurile de ajutor și de pensii, a intrat în câteva dintre casele muncitorilor și a încercat să se familiarizeze cu problemele grave ale celor mulți și necăjiți.
Pe 16 decembrie 1890, tânărul a participat la ceremonia de admitere a fratelui său mai mic, Albert, la Școala Militară Regală, dar s-a îmbolnăvit de angină sau faringită. Și-a suspendat pentru câteva zile activitatea de la unitatea militară la care se ducea zilnic, dar pe 3 ianuarie 1891 a revenit la cazarmă cu forțe proaspete.
Două zile mai târziu sora lui dragă, Henriette, s-a îmbolnăvit de o formă gravă de pneumonie infecțioasă. În noaptea de 8 spre 9 ianuarie, părinții au chemat preotul pentru a-i da prințesei ultima împărtășanie. Din fericire, tânăra a supraviețuit, chiar dacă starea ei a rămas fragilă. În acea perioadă Baudouin a răcit din nou pentru că mergea de mai multe ori pe zi la patul Henriettei, traversând coridoarele înghețate ale palatului. Pe 17 ianuarie prințul s-a simțit foarte rău, avea febră mare și a fost chemat un medic care l-a diagnosticat cu gripă, apoi starea lui generală s-a deteriorat rapid. Pe 22 ianuarie, pe lângă viroză, prințul a dezvoltat o nefrită acută, a făcut hemoragie renală și, apoi, endocardită infecțioasă.
Tânărul a murit pe 23 ianuarie 1891 la ora 1:45 noaptea, înconjurat de familie, iar a doua zi dimineață știrea tragică se-a împrăștiat în tot orașul.
După moartea fulgerătoare a prințului au apărut zvonuri că ar fi fost implicat într-un duel, s-a spus chiar că moartea lui Baudouin ar fi fost o imitație a sinuciderii prințului moștenitor Rudolf al Austriei, dar aceste lucruri nu erau adevărate, apărând probabil din cauza faptului că oamenilor nu le venea pur și simplu să creadă că o banală răceală l-a răpus atât de repede pe iubitul lor prinț.
În următoarele zile lucrările Parlamentului belgian au fost suspendate, iar teatrele și instituțiile publice au fost închise până după înmormântare. Ceremonia funerară a avut loc pe 29 ianuarie 1891, la tristul eveniment fiind prezenți Henric de Prusia, fratele împăratului german, Henry de Battenberg, ginerele reginei Victoria, Frederic-August de Saxonia, Filip de Saxa-Coburg, Leopold de Hohenzollern, fratele contesei de Flandra, și cei doi fii ai săi, Wilhelm și Karl Anton, precum și Frédéric de Hohenzollern. Pe tot traseul cortegiului funerar, mii de oameni s-au adunat pentru a-l plânge pe tânărul print, iar corespondenții ziarelor străine au fost impresionați de doliul general de la Bruxelles, unde majoritatea caselor au fost decorate cu pânză neagră. Slujba de înmormântare a avut loc în catedrala Saints-Michel-et-Gudule, Boudouin fiind depus apoi în cripta regală de la biserica Notre-Dame de Laeken.
Fratele lui mai mic, Albert, a devenit în cele din urmă moștenitor prezumptiv în momentul morții tatălui lor și mai târziu i-a succedat unchiului său, Leopold, devenind regele Albert I al Belgiei.
