Cesare Borgia s-a născut cel mai probabil pe 13 septembrie 1475 la Roma, a fost fiul papei Alexandru al VI-lea și al amantei sale, Vannozza dei Cattanei, și frate al Lucreției Borgia, al lui Giovanni Borgia, Duce de Gandia, și al lui Gioffre Borgia, prinț de Squillace. Tatăl său mai avea doi copii nelegitimi, Don Pedro Luis de Borja și Girolamo de Borja, copii ai unor mame necunoscute.
Cesare era un tânăr frumos, înalt și cu o ambiție fără limită, la fel ca tatăl său. Inițial a fost pregătit pentru o carieră în sânul bisericii catolice, fiind numit episcop de Pamplona la vârsta de 15 ani, a făcut școala în Perugia și Pisa, unde a studiat dreptul, și a devenit cardinal la vârsta de 18 ani. Fratele lui, Giovanni, care era căpitan-general al forțelor papale, a fost asasinat în 1497 în condiții misterioase, existând presupunerea că Cesare ar fi fost ucigașul, pentru ca astfel să aibă drumul deschis spre o carieră în armată. La un an după moartea suspectă a acestuia, Cesare a devenit prima persoană din istorie care a demisionat din funcția de cardinal, fiind numit în aceeași zi Duce de Valentinois de către regele Franței, Ludovic al XII-lea.
Pe 10 mai 1499, Cesare s-a căsătorit cu Charlotte d’Albret, sora lui Ioan al III-lea de Navarra, cuplul având un singur copil, pe Louise Borgia, Ducesa de Valentinois, dar bărbatul a fost tatăl a cel puțin 11 copii nelegitimi, printre care Girolamo Borgia, care s-a căsătorit cu Isabella Contessa di Carpi, și micuța Lucrezia care, după moartea lui Cesare, a fost dusă la Ferrara, la curtea celebrei ei mătuși, frumoasa Lucrezia Borgia.
Papa Alexandru i-a oferit lui Cesare un stat în nordul Italiei, tânărul devenind în acea perioadă comandant al armatelor papale formate din mercenari italieni. Prima lui adversară a fost Caterina Sforza, conducătoarea orașelor Imola și Forlì, pe care le-a cucerit, primind, în semn de mulțumire, titlul de gonfalonier papal de la tatăl său. Curând evenimentele s-au precipitat: Giovanni Sforza, primul soț al Lucreziei, sora lui Cesare, a fost alungat din Pesaro, orașul Faenza a capitulat, iar conducătorul lui a fost înecat în râul Tibru, din ordinul lui Cesare. În mai 1501, bărbatul a fost numit Duce de Romagna, a preluat comanda asediului asupra regiunii Piombino, a comandat trupele franceze în asediul din Napoli și Capua, iar în iunie 1502 s-a îndreptat către Marche, reușind să captureze orașele Urbino și Camerino.
Următorea sa țintă ar fi fost Bologna, dar condottierii săi, temându-se de cruzimea bărbatului, au pus la cale un complot. În final, Cesare și-a retras armatele fidele la Imola, unde a așteptat ca alianța inamicilor să se prăbușească. Borgia a solicitat inițial o reconciliere, dar s-a răzgândit, și-a întemnițat propriii condottieri în Senaglia, apoi i-a executat. În 1503, când tânărul plănuia cucerirea Toscanei, a primit vestea morții tatălui său, iar în timp ce se afla la Castelul Sant’Angelo pentru o perioadă de odihnă, trupele lui au preluat controlul asupra conclavului care alegea noul papă.
Noul suveran pontif a fost Pius al III-lea, care l-a susținut și l-a reconfirmat pe Cesare ca gonfalonier, dar, după un pontificat de doar 26 zile, papa a murit, iar la putere a ajuns dușmanul de moarte al familiei Borgia, cardinalul Giuliano Della Rovere.
În timp ce se deplasa către Romagna pentru a înăbuși o revoltă, Cesare Borgia a fost capturat și întemnițat de către Gian Paolo Baglioni și toate pământurile sale au fost confiscate de Statele Papale. În 1504, bărbatul a fost exilat în Spania, fiind închis inițial în Castelul Chinchilla de Montearagón din La Mancha, dar după o încercare de evadare a fost mutat spre nord, la Castelul La Mota, Medina del Campo, lângă Segovia.
De aici a reușit să evadeze și i s-a alăturat cumnatului său, regele Ioan al III-lea de Navarra. Crudul comandant al armatelor papale a murit în timpul asediului orașului spaniol Viana, în noaptea de 11 spre 12 martie 1507, la vârsta de 31 de ani, fiind rănit mortal într-o ambuscadă.
Cesare a fost înmormântat inițial într-un mormânt din marmură sub altarul Bisericii Santa Maria. Treizeci de ani mai târziu, în 1537, episcopul de Calahorra a ordonat ca locul înhumării să fie distrus și rămășițele lui să fie duse în afara bisericii. De-abia în 2007, Fernando Sebastian Aguilar, Arhiepiscopul de Pamplona, a fost de acord ca osemintele să fie mutate înapoi în biserică, chiar cu o zi înainte de comemorărea a 500 de ani de la moartea sa.
Machiavelli spunea despre Cesare Borgia că avea un comportament dual. Uneori putea fi secretos și taciturn, alteori era lăudăros și plin de viață și stătea treaz toată noaptea, primind și trimițând mesageri. Frecvent avea momente de lenevie inexplicabilă, rămânea în pat zile în șir și refuza să vadă vreun om, dar cu siguranță avea un geniu de necontestat în chestiunile militare și în afacerile diplomatice și o inteligență peste medie, iar calitățile sale de comandant militar și tactician au fost respectate deopotrivă de prietenii și de dușmanii lui.
