În decembrie 1940, Papa Pius al XII–lea a cerut identificarea mormântului Sfântului Petru, încercând astfel să pună capăt unui mister care dăinuia de secole și să ducă la îndeplinire un vechi proiect al papei Leon al XIII-lea.
Nu se știe ce anume l-a determinat pe Suveranul Pontif să înceapă tocmai atunci cercetările, dar jurnaliștii epocii au menționat că, printre faimoasele preziceri făcute de Nostradamus în secolul al XVI-lea, dintre care multe s-au adeverit, s-ar afla un verset care spune că adevăratul mormânt al Sfântului Petru va fi găsit în anul 1940.
Ce date avea echipa însărcinată cu investigaţiile? Noul Testament nu oferea niciun indiciu despre moartea Sfântului Petru la Roma, ultima mențiune despre marele apostol fiind consemnată în timp ce se afla la Ierusalimul. Totuşi, nu exista nicio îndoială că el şi Sfântul Pavel au venit împreună la Roma şi că ambii au fost martirizaţi aici, deoarece s-au păstrat nenumărate vestigii ale activităţii şi morţii lor în Cetatea Eternă.
Martiriul a avut loc în timpul persecuţiilor lui Nero, când Sfântul Petru a fost crucificat cu capul în jos, așa cum ceruse el însuşi. Tradiţia spunea că cei doi martiri au fost îngropați la poalele Vaticanului. Ulterior, rămăşiţele lui Pavel şi Petru au fost duse afară din oraş, la Catacombe, acolo unde se află astăzi Basilica Sf. Sebastian, ridicată în secolul al IV-lea şi închinată celor doi apostoli.
La începutul secolului al II-lea, mormintele lor erau vizitate de pelerini, dar ulterior, când protecţia mormintelor creştine a fost retrasă, credincioşii au venit într-o noapte şi, în mare taină, au scos osemintele, ascunzându-le în catacombele Sf. Sebastian, iar mai târziu, când persecuţia încetase, Sf. Petru a fost transportat la Vatican, iar Sf. Pavel, la Via Ostiense.
În secolul I, Papa Anacletus a clădit o încăpere superioară sau „memorial” deasupra bolţii în care se aflau rămăşiţele Sf. Petru. În cartea sa, „Secretele Vaticanului”, arheologul Douglas Sladen notează despre misterul mormântului: „Dacă ar fi să dăm crezare tradiţiei, invizibilul mormânt al Sf. Petru pe care se ridică întreg edificiul a fost clădit de către Linus şi Anacletus, cel de al doilea şi al treilea papă, la mai puţin de o sută de ani după naşterea Mântuitorului, nu departe de grădinile lui Nero, unde apostolul fusese crucificat.
Două secole mai târziu (306 A. D.), Constantin cel Mare ridică în jurul mormântului marea basilică a Sfântului Petru. Mormântul, după cum era obiceiul vremii, se afla la mare adâncime sub temelia bisericii și învăluit în zidărie, pentru a se păstra mai bine. La el ajungeai coborând o lungă serie de scări.
Prin anul 1400, în timpul domniei lui Nicolae al V-lea, biserica devenise primejdios de şubredă. Doi mari arhitecţi florenteni, Leon Battista Alberti şi Bernardo Rosselino au fost chemaţi să facă planuri şi Nicolae puse să se clădească o nouă catedrală în jurul celei vechi. În 1506, Papa Iuliu al II-lea încredinţă clădirea noii bazilici dedicată Sfântului Petru arhitectului Donato Bramante, iar acum ajungem la vechile și noile cripte. Vechea criptă este, grossomodo, vechea biserică Sf. Petru până la doi metri și jumătate de la bază, căci Bramante, în măsura în care i-a fost cu putinţă, a făcut din vechea bazilică fundament pentru noua construcţie. Dar acest fundament nu era destul de cuprinzător pentru vasta cruce greacă ce forma planul de bază al proiectului, astfel că a trebuit să extindă temeliile în dreapta şi în stânga, construindu-le ca pe nişte cripte.
Intrarea se face pe lângă stâlpul Sfintei Veronica, unde Iulius al II-lea a pus fundamentul unei biserici Sf. Petru. De la baza scărilor, câteva galerii duc în dreapta și în stânga; dacă apuci pe culoarul din stânga, ajungi aproape de-a dreptul la capela mormântului Sf. Petru. Din mormânt nu vezi, însă, nimic pentru că el este în întregime zidit.
În anul 1602 sau 1603, pe când se lucra la temeliile noii biserici, bolta de deasupra mormântului s-a surpat şi lucrătorii l-au putut vedea pe apostol. Era uşor de recunoscut, fiindcă deasupra lui se vedea crucea de aur masiv cântărind 150 de pfunzi (47 de kg.), depusă acolo de mâinile pioase ale împărătesei Elena, mama lui Constantin, ctitorul celei dintâi biserici.
Papa Clement al VIII-lea fu chemat în grabă şi veni însoţit pe cardinalii Bellarmin şi Antoniano. Prima sa idee a fost să înlăture obstacolele care împiedicau vederea sfântului mormânt, acum, când stadiul înaintat de civilizaţie în care se aflau, excludea riscul vreunei profanări. Însă el se lovi de o veche superstiţie de credinţă universală, aceea că cine se atingea de mormântul Sfântului Petru murea şi fu nevoit să ordone închiderea spărturii printr-un strat gros de zidărie”.
În timpul săpăturilor arheologice extinse inițiate de Papa Pius al XII-lea în secolul XX, desfășurate între anii 1940 și 1949, arheologii au descoperit o necropolă romană din secolele II–IV, cunoscută sub numele Necropola Vaticanului. Printre mormintele descoperite, s-a identificat un monument funerar cunoscut sub denumirea „Tropaionul lui Gaius”, menționat de scriitorul creștin Gaius în secolul al II-lea ca fiind ridicat deasupra mormântului lui Petru.
Sub acest monument, s-a găsit o groapă de înmormântare datând din secolul I, conținând rămășițele unui bărbat de aproximativ 60 – 70 de ani, cu o constituție robustă, ceea ce corespundea descrierilor tradiționale ale Sfântului Petru
În 1950, Papa Pius al XII-lea a anunțat public descoperirea acestui mormânt, fără a afirma cu certitudine că osemintele aparțin Sfântului Petru. În 1968, Papa Paul al VI-lea a declarat că relicvele Sfântului Petru au fost identificate „într-un mod pe care îl putem considera convingător”, bazându-se pe cercetările arheologice și antropologice efectuate până la acel moment.
În ciuda acestor descoperiri, există și teorii alternative privind locul de înmormântare al Sfântului Petru. În 1953, doi preoți romano-catolici, P. B. Bagatti și J. T. Milik, au susținut că au descoperit mormântul apostolului la Ierusalim, în zona Bisericii Dominus Flevit de pe Muntele Măslinilor, bazându-se pe inscripții găsite pe un osuar care menționau numele „Shimon Bar Yonah” (Simon, fiul lui Iona), numele ebraic al lui Petru. Totuși, cei mai mulți cercetătorilor susțin că Sfântul Petru a fost martirizat și înmormântat la Roma.
Mormântul identificat ca fiind al Sfântului Petru se află sub altarul principal al Bazilicii San Pietro și poate fi vizitat în cadrul tururilor ghidate ale necropolei vaticane.
