Prințesa Mary Henrietta s-a născut pe 4 noiembrie 1631 la Palatul St. James din Londra și a fost al treilea copil și fiica cea mare a lui Carol I, regele Angliei, Scoției și Irlandei și a Henriettei Maria a Franței. Fetița a fost botezată în aceeași zi, deoarece părinții se temeau că nou-născuta, care nu avea o stare de sănătate prea bună, ar putea muri. Prima apariție publică a fetiței a avut loc în 1640, la botezul fratelui ei, Henry, ducele de Gloucester, ea fiind singura nașă a micului prinț.
Mary și-a petrecut primii ani din viață alături de frații și surorile ei la Palatul St James, la Palatul Richmond și Hampton Court. Educația prințeselor a fost încredințată contesei de Roxburghe, iar Mary a devenit cunoscută pentru harul, frumusețea și manierele ei. Mama fetei, regina Henrietta Maria, a vrut să-și convertească fiica la catolicism, dar regele Carol I a oprit rapid acțiunile soției sale. În ianuarie 1640, Mary, ajunsă la vârsta de 8 ani, a fost cerută în căsătorie – prin consilieri diplomatici – de William, care avea 13 ani și era fiul cel mare și moștenitorul lui Frederick Henry, prințul de Orange. Mama potențialului mire, Amalia din Solms-Braunfels, fusese cândva doamnă de onoare a mătușii lui Mary, Elizabeth Stuart, regina Boemiei, care va juca mai târziu un rol important în viața fetei. Oferta Casei de Orange a fost inițial respinsă de regele Carol I, care dorea să-și căsătorească fiica cu Baltasar Charles, prințul Asturiei, singurul fiu al regelui Filip al IV-lea al Spaniei.
Condiția fundamentală pentru acel mariaj era însă convertirea Mariei la catolicism, dar prințesa, care studiase elementele de bază ale religiei catolice îndemnată de mama ei și nu era deloc atrasă de ritualuri, nu a vrut să-și schimbe credința. Charles I Louis, Elector Palatin, verișorul primar al Mariei, a fost, de asemenea, pretendent la mâna ei, dar și această propunere a căzut.
La sfârșitul anilor 1630, relațiile dintre diferitele facțiuni din societatea britanică deveniseră foarte tensionate, iar controversele legate de religie, relații sociale, moralitate și putere politică au devenit din ce în ce mai aprinse și, în același timp, mama lui Mary, care era catolică, a devenit relativ nepopulară în țară. La sfârșitul anului 1640 – începutul anului 1641, regele Carol I a decis reînnoirea negocierilor cu prințul Frederic Henric de Orange pentru mariajul fiicei sale.
Negocierile au progresat rapid și pe 10 februarie 1641 regele Carol I a anunțat Parlamentul că acordul privind căsătoria fiicei sale a fost încheiat și că rămâne doar să se se obțină aaprobarea lorzilor această unire din punct de vedere politic. Pe 2 mai 1641 a avut loc o ceremonie de nuntă modestă la Capela Regală din Palatul Whitehall din Londra. Regina Henrietta Maria nu a putut participa la ceremonia religioasă, pentru că slujba a fost oficiată în ritul protestant, dar a urmărit nunta fiicei sale dintr-o mică galerie laterală. Căsătoria nu a fost sărbătorită în Anglia, pentru că țara era la un pas de a intra în război, Mary și William au primit felicitări doar de la curteni, după care prințul s-a întors în Olanda.
Conform contractului de căsătorie, Mary putea rămâne în Anglia până la împlinirea vârstei de 12 ani, iar soțul ei trebuia să îi ofere 1.500 de lire pe an pentru cheltuieli personale. În cazul morții premature a lui William, Mary primea o sumă de 10.000 de lire pe an și două reședințe pentru uz personal. Contractul de căsătorie conținea, de asemenea, o clauză conform căreia prințesa și doamnele ei de onoare aveau voie să-și practice liber religia.
La începutul anului 1642, situația din Anglia a devenit și mai tensionată. Micuța Mary și părinții ei au fost obligați să se refugieze la Hampton Court, iar în februarie regina Henrietta Maria a plecat împreună cu prințesa la Haga însoțite de o escortă de cincisprezece nave. Cu puțin timp înainte de a pleca în Olanda, Mary primise de la tatăl ei titlul de Prințesă Regală, stabilindu-se astfel tradiția ca fiica cea mare a suveranului britanic să poarte acest titlu.
În noiembrie 1643 a avut loc o a doua ceremonie de căsătorie între Mary și William la Haga și, pentru că fata avea doar 12 ani, căsătoria nu a fost consumată decât în 1644, de-abia în acel an prințesa fiind integrată complet în viața de la curtea olandeză. A avut întâlniri publice, întrevederi cu ambasadorii străini și a îndeplinit toate funcțiile care i-au fost atribuite cu o demnitate uimitoare pentru vârsta ei.
Mary, care primea constant vești din Anglia, era îngrijorată de situația tatălui ei și în decembrie 1646 i-a trimis regelui Carol I o scrisoare în care îl îndemna să profite de ocazie și să fugă în Olanda, dar suveranul britanic nu a ascultat-o. Prințesa s-a apropiat mult în această perioadă de mătușa ei, Elizabeth, fosta regină a Boemiei, aflată în exil în Haga, dar a avut o relație foarte rece cu soacra Amalia, așa că a încercat să reducă la minimum contactul cu ea. Socrul ei, prințul Frederic Henric de Orange, a murit pe 14 martie 1647 și în aceeași zi a fost convocat Parlamentul, care l-a proclamat pe William al II-lea ca moștenitor al tatălui său, iar titlurile răposatului socru au fost recunoscute pentru soțul lui Mary, care a devenit noul Prinț de Orange. În 1648, Maria a fost vizitată de frații ei, Carol, prinț de Wales și Iacob, duce de York. În 1649, tatăl prințesei a fost executat, iar după moartea lui, prințesa i-a ajutat pe mulți nobili englezi și pe foștii susținători ai fostului rege care fuseseră obligați să fugă din țară. Printre cei care se aflau sub protecția prințesei era și familia Annei Hyde, viitoarea soție a ducelui de York și mamă a două regine engleze, Mary a II-a și Anne.
În toamna anului 1647 Mary a suferit un avort spontan, după care nu a mai putut avea copii timp de aproape trei ani, de-abia la începutul anului 1650 rămânând din nou însărcinată. La sfârșitul lunii octombrie-începutul lunii noiembrie, când sarcina prințesei se apropia de sfârșit, soțul ei s-a îmbolnăvit de variolă și a murit pe 6 noiembrie. Cu două zile înainte de moartea lui, chiar în ziua în care împlinea nouăsprezece ani, Mary a născut un fiu, pe William. Leagănul bebelușului a fost drapat cu o pânză neagră, în semn de doliu pentru tatăl său.
La scurt timp după nașterea copilului, prințesa văduvă a avut mai multe conflicte cu soacra ei pentru că intenționa să-l numească pe micuț Carol, în onoarea tatălui ei executat, dar soacra a insistat ca băiatul să fie numit William. După ce a câștigat bătălia pentru numele nepotului, Amalia a vrut să devină singurul tutore legal al bebelușului, spunând că Mary este prea tânără. Pe 13 august 1651 Curtea Supremă a decis că tutela va fi împărțită între Mary, soacra ei și Frederick William, Electorul Brandenburgului, a cărui soție, Louise Henriette, era sora cea mai mare a lui William al II-lea, bărbatul fiind desemnat pentru că putea acționa ca parte neutră și putea media între cele două femei.
În ianuarie 1650, Mary, fratele ei mai mic, Iacob, și mătușa Elizabeth, au planificat să comemoreze printr-o ceremonie modestă un an de la moartea regelui executat, dar guvernul olandez a considerat că evenimentul ar putea fi interpretat greșit de guvernul britanic și a interzis orice manifestare. Un an mai târziu, prințesa l-a primit în secret pe fratele ei mai mare, Carol al II-lea, care se considera regele legitim al Angliei, iar când a aflat de această întâlnire, reprezentanții guvernului olandez i-au interzis prințesei contactul cu oricare dintre rudele sale. Gospodăria lui Mary și a mătușii ei a fost numită “cuib de vipere”, adversarii acuzându-le de conspirații împotriva Olandei și Angliei. În 1652, starea de spirit din Olanda s-a schimbat din cauza izbucnirii războiului cu Anglia. Fiul lui Mary a fost ales oficial ca stadtholder al mai multor provincii din nord, dar Witte de With, liderul republicii, a
împiedicat alegerea sa în Olanda. Atunci prințesa a făcut un protest oficial, însă nu a fost luată în considerare, în ciuda faptului că țara era sub amenințarea unui războiul civil.
Doi ani mai târziu, pe 27 mai 1654, a fost încheiat tratatul de pace dintre Anglia și Olanda, dar până la acel moment îngrijorările tinerei cu privire la poziția fiului ei i-au afectat grav sănătatea și, în plus, situația ei financiară s-a degradat. Pentru a-și reduce propriile cheltuieli, prințesa și-a anunțat intenția de a abandona două dintre cele patru palate pe care le deținea. În iulie 1654, a mers pentru tratament într-o stațiune din Germania, unde a petrecut câteva săptămâni, apoi l-a vizitat pe fratele ei, Carol al II-lea, la Köln. S-a întors în Olanda în octombrie, iar în iulie 1655 a mers din nou la Carol, la Köln, a vizitat orașul Frankfurt și s-a întors acasă pe 15 noiembrie. În ianuarie 1656, Mary a plecat la Paris, unde locuiau mama și sora ei mai mică, Henrietta, fiind primită cu toate onorurile la curtea franceză.
În Olanda, tânăra văduvă a fost vizitată de numeroși admiratori și pretendenți, printre care George Villiers, al doilea duce de Buckingham. Potrivit istoricilor, ducele Charles Emmanuel II de Savoia, Ernest Augustus, ducele de Brunswick-Lüneburg și fratele său, George William, au cerut-o în căsătorie în timpul vizitei la Paris. În plus, cardinalul Mazarin a împrăștiat zvonuri conform cărora prințesa ar fi avut o aventură sau chiar s-ar fi căsătorit în secret cu Henry Jermyn, un apropiat al fratelui ei, Iacob, prințul de York. Zvonurile erau probabil neadevărate, dar fratele mai mare, Carol al II-lea, le-a luat în serios și a încercat să împiedice orice contact între Jermyn și prințesă. Mary a părăsit Parisul pe 21 noiembrie și, după o ședere de două luni la curtea fratelui ei din Bruges, s-a întors la Haga.
La scurt timp, prințesa a aflat că soacra i-a propus fratelui ei, Carol al II-lea, să se căsătorească cu fiica ei, Henriette Catherine, ceea ce a înfuriat-o foarte tare. În 1658, Amalia de Solms-Braunfels a încercat să obțină postul de regent unic pentru nepotul ei, dar Mary, cu sprijinul rudelor din Franța, a reușit să respingă intrigile soacrei.
În noiembrie 1659, prințesa și-a trimis fiul la studii la Universitatea Leiden, iar câteva luni mai târziu, pe 14 mai 1660, parlamentul olandez a informat-o pe prințesă, care se afla la Breda, că fratele ei, Carol, a obținut tronul Angliei și va deveni rege, ocazie cu care la Haga au fost organizate serbări fastuoase. Acum ea ocupa al cincilea loc în linia de succesiune la tronul britanic și atitudinea față de prințesă în Olanda a devenit mult mai tolerantă. În toate orașele pe care le vizitau, Mary și fiul ei, William al III-lea, erau întâmpinați cu onoruri regale.
Pe 30 septembrie 1660, prințesa a plecat spre Anglia, unde, datorită faptului că lumea știa cât de mult și-a susținut frații în timpul exilului acestora, a fost primită cu multă căldură. La sosirea la Londra, a descoperit însă cu surprindere și consternare că fratele ei, regele, nu numai că a recunoscut căsătoria lui Iacob, Duce de York, cu Anne Hyde, fosta ei doamnă de onoare, dar declarase că urmașii acestora vor fi prinți și prințese cu drepturi de succesiune depline. Acest fapt a supărat-o atât de tare, încât a decis să-și scurteze semnificativ vizita în țară.
Pe 20 decembrie, curtea britanică a primit vestea că Mary era grav bolnavă de variolă. Mama ei, regina Henrietta Maria, a ajuns la căpătâiul ei și a făcut o ultimă încercare de a o converti la catolicism, dar prințesa a refuzat categoric. Regina-mamă a reușit să-l impună pe medicul ei francez pentru a prelua îngrijirea și se pare că această decizie a fost fatală pentru tânără, pentru că doctorul era un susținător al metodei “sângerărilor terapeutice”. “Bloodletting” a fost o terapie frecventă până la sfârșitul secolului al XIX-lea, care, deși putea avea anumite efecte benefice, era o practică extrem de periculoasă pentru bolnav. Pe 24 decembrie, Mary și-a semnat testamentul și a murit în aceeași zi, la doar 29 de ani. La cererea ei, a fost înmormântată în mănăstirea Westminster, lângă fratele ei preferat Henry, ducele de Gloucester, care murise și el de variolă în septembrie 1660.
În testament, Mary i-a cerut regelui Carol al II-lea să aibă grijă de interesele unicului ei fiu care avea doar 10 ani și al cărui singur tutore rămăsese acum bunica Amalia. Pe 4 iulie 1672, William al III-lea, în vârstă de 21 de ani, după câțiva ani de confruntare cu guvernul Olandei, a fost proclamat stadtholder și comandant-șef al armatei. Cinci ani mai târziu, s-a căsătorit cu verișoara lui, Mary, fiica lui Iacob al II-lea și a Annei Hyde. În 1688, cu sprijinul protestanților englezi, William al III-lea l-a destituit pe tatăl soției sale și, alături de ea, a fost proclamat conducător al Angliei, Scoției și Irlandei.