Anna Amalia a Prusiei s-a născut pe 9 noiembrie 1723 la Berlin și a fost unul dintre cei zece copii ai lui Frederic Wilhelm I al Prusiei și ai Sofiei Dorothea de Hanovra. Prințesa era cu 11 ani mai mică decât fratele ei, viitorul Frederic cel Mare, și ambii copii aveau înclinații muzicale, dar Anna Amalia nu a putut studia decât după moartea crudului ei tată care ura muzica. Tânăra a învățat să cânte la clavecin, flaut și vioară, primind primele lecții chiar de la fratele ei.
Anna Amalia a fost considerată o posibilă mireasă pentru Adolf Frederic, prințul moștenitor al Suediei, dar reprezentanții acestuia aveau de ales între ea și sora ei, Louisa Ulrika, și au preferat-o pe cea din urmă.
În 1743, tânăra s-a căsătorit în secret cu baronul Friedrich von der Trenck, dar fratele ei, Frederic al II-lea, devenit rege al Prusiei, a aflat de mariaj observând că a rămas însărcinată. Furios, a trimis-o la Abația Quedlinburg, o mănăstire protestantă unde se refugiau femeile aristocrate care urmau să aibă copii din afara căsătoriei.
Frederic al II-lea a anulat mariajul, baronul von der Trenck a fost încarcerat timp de zece ani, dar prințesa a continuat să corespondeze cu el până la moarte. Din păcate, despre soarta copilului nou-născut nu există astăzi nicio informație.
În 1755, Anna Amalia a devenit stareță la Quedlinburg, dar a ales să-și petreacă timpul la Berlin, unde s-a dedicat muzicii și a devenit cunoscută ca patroană a muzicienilor și compozitorilor.
Trei ani mai târziu, prințesa a început să studieze serios teoria muzicii și compoziția cu profesorul Johann Philipp Kirnberger, un fost student al lui Johann Sebastian Bach, și a creat mai multe lucrări, dar, din păcate, doar câteva dintre opere au supraviețuit.
Anna Amalia nu s-a mai căsătorit niciodată, dedicându-și întreaga viață muzicii și rugăciunilor. A murit pe 30 martie 1787, la vârsta de 63 de ani, și a fost înmormântată în cripta Hohenzollern din Catedrala din Berlin.
