Mănăstirea Radu Vodă a fost ridicată în anul 1568 pe malul drept al Dâmboviței, «din jos de București» (pentru că orașul nu se întinsese încă până acolo), pe dealul ce se va numi mai târziu „Radu Vodă”, ctitorul ei fiind Alexandru Mircea al II-lea, care a domnit în două rânduri, între anii 1568 – 1577.
Alături de sfântul lăcaș, domnitorul și-a înălțat și un palat, ce a fost descris de avocatul francez Pierre Lescalopier, care l-a vizitat în anul 1574: „avea ziduri de cherestea umplute cu vălătuci de pământ amestecat cu paie tocate, iar fortificația consta din trunchiuri mari de copaci înfipte în pământ și legate prin grinzi transversale prinse în cepuri lungi de lemn. Interioarele «castelului» aveau săli mari acoperite cu covoare turcești și decorate de jur împrejur cu reliefuri înalte de aproape 3 picioare…”
Baricadându-se în grabă în noul castel-cetate, Alexandru Mircea urmărise să se ferească astfel de uneltirilor boierimii din capitală. În vara acelui an, călătorul polon Stryjkowski a văzut țintuite în poarta acestei curți domnești de lemn capul lui Ion Vodă cel Viteaz (Cumplitul) al Moldovei, ucis de turci, și capul lui Vintilă Vodă, pe care Ion Vodă îl instalase domn în Țara Românească în locul lui Alexandru Mircea, dar care fusese răsturnat și decapitat de cel din urmă, care își reluase tronul cu ajutorul turcilor.
Lupta pentru domnie a avut loc chiar pe dealul și câmpia din jurul Bisericii Troiței, cum i se spunea sfântului lăcaș, iar Alexandru Mircea primise oaste de ajutor și de la fratele său, Petru Șchiopul, alt om al turcilor, înscăunat domn în Moldova după uciderea lui Ion Vodă cel Viteaz.
Pe atunci dealul Radu Vodă era mult mai semeț decât astăzi. Fiind înconjurat de ape, când acestea veneau mari, locul era aproape inaccesibil. Construcțiile care încununau dealul au căpătat în acest fel o deosebită importanță strategică.
Când a primit domnia, în septembrie 1593, Mihai Viteazul a folosit această cetățuie în ofensiva pe care a pornit-o împotriva turcilor. Domnitorul s-a instalat în fortul de la Troița, și-a adunat ostașii și curtenii în râpa Dâmboviței și ulterior a ordonat convocarea, în ziua de 13 noiembrie 1594, a tuturor creditorilor turci la vistierie, pentru „lichidarea” socotelilor (la momentul instalării, domnitorul plătise Porții Otomane, după obiceiul timpului, o sumă mare de bani (400.000 de florini, conform estimărilor istoricului A.D. Xenopol).
Lichidarea a înfăptuit-o însă cu tunurile, bombardând din toate părțile vistieria în care se adunaseră zarafii orientali. La scurt timp a sosit la București un emir turc cu peste 2.000 de oameni și a încercat fără succes să pună mâna prin vicleșug pe domnul român, care era însă bine apărat în palatul Troiței.
Deși tabăra acestui emir se așezase în curțile de piatră mari și solide ale vistierului Dan (situate cam între străzile Stelea și Mina de azi), nu a putut rezista atacului fulgerător dezlănțuit prin surprindere de Mihai.
De pe dealul Troiței și de sub râpele râului, artileria domnească s-a repezit de-a lungul gârliței Bucureștioara (care atunci curgea spre Dâmbovița prin grădina bisericii Sf. Gheorghe de azi) și, atacând curțile lui Dan, le-a dărâmat și a dat foc din cinci locuri taberei emirului, a cărui armată a fost distrusă, la fel cum fuseseră și creditorii domnitorului cu câteva luni înainte.
Aceste neașteptate și teribile lovituri au provocat furia sultanului Mehmed al III-lea, care a trimis spre Țara Românească expediția de pedepsire condusă de Sinan Pașa, soldată cu strălucita victorie de la Călugăreni. După acest eveniment, Mihai a trebuit însă să se retragă vremelnic spre munți, pentru refacerea oștirii, în așteptarea întăririlor promise de Sigismund Bathory.
Armata otomană a înaintat și a ocupat Bucureștiul, iar marele vizir Sinan a fost surprins de posibilitățile militare oferite de dealul «din jos de București». În următoarele opt zile, întregul complex a fost fortificat prin lucrări de pământ și palisade din trunchiuri de copaci, adăugându-se și cinci bastioane și constituindu-se astfel «palanca lui Sinan Pașa», în care încăpeau, conform mărturiilor epocii, 10.000 de oameni.
Cronicarul Nicolae Costin oferă câteva informații despre fortificație: „Iară Sinan Pașa… au înconjurat Bucureștii și Târgoviște cu șanțuri și părcane și întărise Sinan Pașa o biserică în București cu șanțuri și cu băști ce era zidită de Alexandru Vodă, domnul Țării Muntenești”.
Informații mai complete sunt oferite de un martor ocular, călugărul Nikifor, aflat în oastea lui Sinan Pașa: „un fel de palisade formate din două rânduri de pari bătuți în pământ și cu spațiul dintre pari umplut cu pământ, având nouă bastioane pe piloți ce puteau primi în ele, fiecare, câte 15 tunuri”.
El ne mai spune că „mănăstirea, care se afla aproape de oraș, a fost ocupată și, în opt zile, Sinan a fortificat-o”, cuprinzând în interior și cimitirul întărit și el cu palisade și având, la rându-i, cinci până la șapte bastioane. Se puteau adăposti aci circa 10.000 de oameni”.
La fel a făcut, de altfel, Sinan Pașa și la Târgoviște, iar vestea despre fortificații s-a răspândit în întreaga Europa, pentru că în aproape toate rapoartele ambasadorilor trimise către Polonia, Austria, Brandenburg sau Veneția este amintită această „fortezza di Bucharest”.
Sinan Pașa l-a însărcinat cu supravegherea fortificațiilor de la Radu Vodă și cu cârmuirea turcească a Bucureștiului chiar pe fiul lui Alexandru Mircea, cel care ctitorise palatul-cetate, adică pe Mihnea al II-lea, zis Turcitul, care domnise ca urmaș al tatălui său în două rânduri, între anii 1577 și 1591, și care, în speranța de a-și recăpăta tronul, trecuse la mahomedanism.
Rămășițele «palancei» au fost identificate datorită săpăturilor arheologice, pentru că întreaga fortificație a fost distrusă chiar din ordinul lui Sinan Pașa, care a poruncit să fie totul aruncat în aer cu praf de pușcă în momentul în care oastea refăcută a lui Mihai Viteazul i-a izgonit pe turci din Capitală.
Vechea pisanie a mănăstirii publicată de Alex. Pelimon în lucrarea „Bucur. Istoria fundării Bucureșcilor” (1858) arată că Sinan Pașa „băgat-au iarbă de tun în sfânta biserică” și când „a dat dosul a fugi … aprinse iarba de tun în biserică și s-a sfărâmat din temelie”. Un document din vremea lui Matei Basarab (25 septembrie 1646) confirmă: „stricat-au turcii mănăstirea din temelie, de s-au fost aprins cu iarbă de pușcă”.
Mănăstirea a rămas pustie, dar turnul cel masiv de la intrarea în incintă a scăpat aproape intact din această grozăvie și a fost reparat, pentru că Radu Mihnea (fiul lui Mihnea Turcitul, care fusese crescut la Athos, printre călugări greci), în cursul celor patru domnii ale sale (între 1601 – 1623), a rezidit-o pe ruinele rămase după exploziile ordonate de Sinan Pașa. Efortul a fost dificil, pentru că boierii, mitropolitul şi alţi înalţi clerici o blestemaseră, de
vreme ce nu numai Sinan-Paşa „se închinase turceşte într-însa, ci chiar fiul ziditorului ei, adică Mihnea Turcitul, Mehmet-Bey, care, după ce fusese creştin şi se-nchinase creştineşte într-însa, în timpul lui Sinan se-nchina turceşte. De aceea, până când începu să se slujească din nou într-însa, trecură aproape 30 de ani”, ne spune Ionnescu-Gion în „Istoria Bucureștilor”.
Radu Mihnea a sosit la București în noiembrie 1601, împreună cu două din surorile sale musulmane, Hiamé şi Caisé Catum, fiice și ele ale lui Mihnea Turcitul, „care ţinea în Stambul harem cu multe neveste şi-o casă de copii. Ihume şi Caisé Catum locuiau într-o casă cu el, se închinau lui Mahomed, cu fața la Mecca şi puseră să li se facă geamie, de pe minaretul căreia muezinul cânta rugăciunea de dimineaţă, rugăciunea de la amiază şi rugăciunea de seară, spre groaza românilor din Capitală, care credeau c-au sosit zilele apocalipsului şi sfârşitul neamului lor”, după cum ne spune C. Gane.
Radu Mihnea este socotit al doilea și principalul ctitor al mănăstirii așezate pe dealul care s-a numit de atunci înainte Radu Vodă. Aici a și fost înmormîntat domnitorul în anul 1626, fiind adus din Moldova, unde domnise, de asemenea, în două rânduri.
La moarte,domnitorul i-a lăsat fiului său, Alexandru Coconul, copil de 12 ani când a fost pus în tronul Țării Românești, în 1623, o moștenire de un milion
Edificiile și dealul pe care au fost zidite vor căpăta un nou renume în timpul domniei celui de-al doilea fiu al lui Radu Mihnea, și anume Mihnea al III-lea Radu. Acesta a domnit foarte puțin, din martie 1658 până în noiembrie 1659, și, după modelul lui Mihai Viteazul, s-a instalat și el cu toată curtea la Radu Vodă, fortificând lăcașul din nou cu două palisade de lemn și cu 53 de tunuri.
„Tot dealul și câmpia din jur se albiseră de mulțimea corturilor oștirii”, după cum descrie locul călătorul sirian Paul din Alep, care a văzut această tabără. După exemplul lui Mihai Viteazul, Mihnea al III-lea a convocat și el creditorii ca să le «achite» datoriile și i-a ucis pe toți.
Sprijinindu-se pe târgoveți și pe țărani, cărora le-a îngăduit să se răscumpere din iobăgie, a avut o serie de victorii militare atacând cetățile turcești de peste Dunăre, dar boierimea i-a fost potrivnică și, neprimind nici un ajutor de la suveranii europeni pe promisiunile cărora se bazase, domnitorul a fost nevoit să fugă în Transilvania, iar în martie 1660 a fost otrăvit lângă Sătmar.
De atunci până astăzi, Complexul de la Radu Vodă a suferit multe transformări, pierzând mult din frumusețea inițială. În 1821, întregul edificiu a fost ocupat de unitățile lui Tudor Vladimirescu, iar în timpul Războiului Crimeii s-a instalat aici un mare spital. În 1960, mănăstirea a fost desființată, dar ulterior patriarhul Justinian a cerut restaurarea ei, locașul fiind resfințit în 1979.