Franz Peter Schubert s-a născut pe 31 ianuarie 1797 în cartierul Himmelpfortgrund din Viena și a fost fiul unui învățător din Moravia, Franz Theodor Schubert. Mama lui, Elisabeth, era fiica unui fierar din Silezia și a fost servitoare pentru o familie vieneză înainte de căsătorie.
Tatăl compozitorului era cunoscut pentru calitățile sale pedagogice, iar școala la care preda, aflată în zona Lichtental a capitalei austriece, era frecventată de foarte mulți elevi. Micul Franz a fost instruit de la vârsta de 6 ani de tatăl său, iar un an mai târziu a fost înscris la școala la care acesta era dascăl, începând, în același timp, educația muzicală. Tatăl l-a învățat tehnici de bază pentru vioară, Ignaz, fratele mai mare, îi dădea lecții de pian, iar de la vârsta de 7 ani copilul a primit primele lecții de la Michael Holzer, organist și director al corului Parohiei din Lichtental.
În adolescență, băiatul cânta la violă în cvartetul de coarde al familiei, frații săi, Ferdinand și Ignaz, cântau la prima și a doua vioară, iar tatăl la violoncel. În această perioadă Franz a compus primele cvartete pentru coarde și în scurt timp a intrat în atenția compozitorului și profesorului Antonio Salieri, în octombrie 1808 a devenit bursier la Stadtkonvikt (Seminarul Imperial), unde a studiat uverturile și simfoniile lui Mozart și simfoniile lui Joseph Haydn și a fost influențat de Johann Rudolf Zumsteeg, un important compozitor de lieduri din epocă.
Elevul precoce dorea „să modernizeze” liedurile, așa cum va spune mai târziu Joseph von Spaun, prietenul său. Prietenia lui Schubert cu Spaun a început la Stadtkonvikt și a durat pe tot parcursul vieții compozitorului. În acea perioadă Spaun, care era mai înstărit, îi oferea lui Schubert, care nu avea mari posibilități financiare, o parte din hârtia pe care își scria manuscrisele.
Schubert a fost lăsat să dirijeze ocazional orchestra de la Stadtkovikt, iar Salieri, impresionat de talentul lui, a decis să îi ofere lecții private de teorie muzicală și compoziție. Treptat, tânărul muzician a început să compună muzică de cameră, piese pentru pian și lucrări liturgice pentru cor, la sfârșitul anului 1813 a abandonat seminarul și s-a întors acasă pentru a preda la Normalhauptschule, școala tatălui său, dar a continuat să ia lecții de compoziție de la Salieri.
În 1814, Franz a întâlnit o tânără soprană pe nume Therese Grob, fiica unui fabricant de mătase din zonă, pentru care a scris multe dintre piesele sale liturgice și cu care și-ar fi dorit să se căsătorească, însă a fost împiedicat de legea din 1815 conform căreia orice bărbat trebuia să demonstreze că are posibilitățile necesare pentru a susține o familie.
Un an mai târziu, tânărul a compus peste 20.000 de măsuri muzicale, nouă piese litugice, o simfonie și aproximativ 140 de lieduri și în același an i-a cunoscut pe Anselm Hüttenbrenner și pe Franz von Schober, cu care va rămâne prieten pe tot parcursul vieții.
În 1816, Schober, care îi era elev, l-a invitat pe Schubert să locuiască în casa mamei sale din Viena, iar la începutul anului 1817 i-a făcut cunoștință cu Johann Michael Vogl, un bariton celebru în acea perioadă, care l-a introdus în cercurile muzicale vieneze.
În vara anului 1818 tânărul a fost angajat de contele Johann Karl Esterházy și a fost plătit destul de bine, având ca îndatoriri predarea orelor de pian și de canto pentru cele două fiice ale acestuia, iar la începutul anilor 1820 a intrat dintr-un cerc închis de artiști și studenți (întâlnirile lor se numeau “Schubertiade”). Muzicianul și patru dintre prietenii său aveau să fie arestați de poliția austriacă în perioada războaielor napoleoniene, moment în care autoritățile supravegheau cu atenție întrunirile studenților, suspectând activități revoluționare. Unul dintre prietenii lui Schubert, Johann Senn, a fost judecat, închis pentru un an și exilat permanent din Viena. Ceilalți patru, inclusiv Schubert, au fost sever admonestați pentru „proteste vehemente împotriva oficialităților cu limbaj insultător și infam”.
Între anii 1826-1828, compozitorul a locuit în permanență la Viena, excepție făcând o scurtă vizită pe care a făcut-o la Graz în 1827, a compus în continuare, dar a primit puțină recunoaștere pentru creațiile sale și foarte mici recompense financiare. În primăvara anului 1828 a organizat primul și singurul concert public cu propriile lui lucrări, eveniment care a avut un mare succes.
În vara anului 1828, starea de sănătate a compozitorului s-a deteriorat brusc. Schubert știa încă din 1823, când fusese consultat de medicul Ernst Rinna, că suferă de o boală incurabilă, unele dintre simptomele sale potrivindu-se cu cele ale otrăvirii cu mercur, dar până atunci nu avusese niciun motiv major de îngrijorare.
Muzicianul a încetat din viață în apartamentul fratelui său din Viena, la vârsta de 31 de ani, pe 19 noiembrie 1828, cauza oficială a morții fiind febra tifoidă, dar alte teorii au vorbit despre sifilis în stadiu terțiar. Ultima lucrare pe care și-a dorit să o asculte înainte de a muri a fost Cvartetul de coarde nr. 14 în Do minor al lui Beethoven. Franz Schubert a fost înmormântat în Cimitirul Central din Viena, lângă marele compozitor german pe care îl admirase toată viața.