Ioan Kalinderu a murit pe 11 decembrie 1913 și a fost înmormântat la Cimitirul Bellu, lângă tatăl și fratele său, medicul Nicolae Kalinderu. Ziarul Telegraful român a consemnat:“Lumea românească de pretutindeni a primit cu adâncă durere vestea morţii lui loan Kalinderu, care a fost un bărbat distins în toată puterea cuvântului, un om de bine şi de merit şi un bun român. (…) Jurisconsult eminent, adevărat erudit, el a scris o seamă de lucrări de drept foarte importante şi o serie de descrieri asupra obiceiurilor românilor.
Activitatea sa cea mai bogată a depus-o însă la admnistrația domeniilor coroanei, în fruntea căreia a fost chemat de M. S. Regele Carol de la Înfiinţarea „Domeniului Coroanei“.
Circulările, adresele, instrucţiunile şi descrierile sale formează numeroase volume ce vor servi ca cea mai bună bibliotecă de consultat pentru munca agricolă, pentru forestieri, pentru întreaga activitate în domeniul industriei casnice şi al gospodăriei rurale.
Ioan Kalnieru era un binefăcător, un om a cărui viaţă a fost totdeauna cu adevărat închinată binelui public. Un exemplu de muncă, de conştiinţă, de punctualitate. Este extraordinar ce activitate a desfăşurat omul acesta neobosit până în ultimele momente ale vieţii sale.
La 73 de ani, mai multe nopţi le petrecea în tren, fiindcă era de o vigilenţă neasemuită şi ţinea se vadă şi să controleze singur vasta administraţie a „Domeniului Coroanei“. A dat o deosebită atenţiune azilului Oteteleşanu, organizat de el, şi atâtor altor instituţii de binefacere în fruntea cărora se afla. (…)
Campania din Bulgaria l-a obosit peste măsura. Nicio zi de concediu, ci mergea în continuu la Turnu Măgurele şi la cartierul general, pentru a supraveghea ambulanţa „Crucii roşii“. Ioan Kalinderu a slăbit mult în timpul din urmă şi gripa (influenţa) l-a surprins la vârsta sa înaintată, tocmai când era mai puţin rezistent.
Pe lângă marea sa operă, ca administrator al Domeniilor Coroanei, pe lângă urmele ce le lasă activitatea sa prodigioasă la toate instituţiile ce le-a condus, pe lângă lucrările sale de drept, Ioan Kalinderu lasă ţării şi minunata sa „Casă“, adică splendidul muzeu din strada Renaşterii, căruia el nu voia să-i zică decât „Casa mea“.
Este aici adunată o adevărată comoară. Tablouri, sculpturi, vase şi obiecte de preţ, opere ale celor mai celebri artişti străini şi o colecţie de lucrări româneşti în care sunt reprezentaţi artiştii noștri vechi, ca şi cei noi.
Vizitând „Casa“ Kalinderu poţi să-ţi dai seama ce este în stare să facă munca unui om priceput, harnic şi condus de un ideal, în cadrul scurtei vieţi omeneşti. Te minunezi de mulţimea operelor de artă adunate, de munca ce a trebuit să desfăşoare pentru ca să orânduiască toate acele obiecte, de răbdarea şi de stăruinţa ce a trebuit să depună, ca să înalţe un edificiu aşa de vast şi cu gust artistic construit.
Sunt foarte rari oamenii care lasă pe urma lor o activitate aşa de mare, atât de binefăcătoare, ca Ioan Kalinderu, care acum se va odihni, desigur, liniştit în mormântul său, pentru că şi-a îndeplinit datoria ca unul dintre cei mai aleşi fii ai neamului.
Memoria lui o vor păstra operele sale şi desigur monumentul ce i se va ridica, un omagiu din partea ţării, pe care a servit-o cu pricepere şi cu credinţă.
*
Rămăşiţele pământeşti ale marelui decedat au fost aşezate într-un sicriu frumos de metal şi, după un scurt serviciu funebru oficiat la casa mortului prin P. S. Episcopul Nifon al Dunării de Jos, cu asistenţă numeroasă, au fost duse pe un dric tras de patru cai şi înconjurat de lachei de la palat, la biserica Kalinderu, zidită pe cheltuiala răposatului, unde coşciugul a fost pus pe un frumos catafalc. Mulţime de coroane împodobea sicriul. Înmormântarea s-a făcut sâmbătă la orele 2 d. a. Serviciul funebru l-a oficiat I. P. S. Mitropolitul Primat Conon, cu asistenţă număroasă. S-au rostit vorbiri frumoase. Înmormântarea s-a făcut la Cimitirul Bellu. În cassa de fier a decedatului s-au găsit hârtii de valoare în preţ de peste un milion lei, şi un testament, în înţelesul căruia averea o lasă Casei bisericii, iar muzeul, familiei regale”.
Într-adevăr, filantropul intenționa să-și dezmoștenească rudele și să facă donații generoase instituțiilor de cultură patronate de familia regală și celor academice, dar voința sa nu a fost scrisă într-o formă legalizată, așa că, până la urmă, marea avere a lui Kalinderu a ajuns la neamurile sale.