Margherita a venit pe lume pe 20 noiembrie 1851 la Palazzo Chiablese din Torino și a fost fiica prințului Ferdinand, duce de Genova, și a Elisabetei de Saxonia. Când tatăl ei a murit, în 1855, mama s-a recăsătorit morganatic cu maiorul Nicolae Bernoud, marchiz de Rapallo, iar copila a fost educată de contesa Clelia Monticelli di Casalrosso și de o guvernantă austriacă pe nume Rosa Arbesser.
Inițial, s-a aflat pe lista pretendentelor principelui Carol I al României, căruia i se căuta o mireasă printre cele mai bine cotate prințese europene, dar, în 1867, președintele consiliului regal italian l-a presat pe regele Victor Emmanuel al II-lea să aranjeze o căsătorie între Margherita și vărul ei, moștenitorul tronului, Umberto.
Prințesa a semnat contractul de nuntă pe 21 aprilie 1868, în sala de bal a Palatului Regal din Torino, iar a doua zi au urmat ceremonia civilă și cea religioasă. După mariaj, cuplul s-a stabilit la Napoli, iar pe 11 noiembrie 1869, Margherita l-a adus pe lume pe singurul ei fiu, cel care a devenit regele Victor Emmanuel al III-lea al Italiei.
Relația dintre soți nu a fost una prea fericită, iar zvonurile de la curtea regală sugerau că Umberto se întâlnea în continuare cu Eugenia Attendolo Bolognini, iubita lui de dinainte de căsătorie. Se pare că cei doi și-au întrerupt relațiile conjugale la scurt timp după mariaj, astfel că Victor Emmanuel a rămas singurul lor copil. Cu toate acestea, niciodată nu și-au făcut cunoscută public despărțirea, continuând să reprezinte împreună casa regală la toate evenimentele importante.
În timpul vizitelor pe care le-a făcut prin provinciile italiene, Margherita era atentă să poarte costume populare locale și să admire cu entuziasm obiceiurile și tradițiile regionale, ceea ce a făcut-o mai populară decât era soțul ei. Era o femeie elegantă, supranumele care i s-a atribuit în epocă fiind „regina perlelor”, pentru că întotdeauna avea un șirag sclipitor de perle în jurul gâtului.
În ianuarie 1871, după unificarea Italiei și proclamarea Romei drept capitală, Margherita și Umberto s-au stabilit la Roma, unde ea și-a continuat misiunea, făcând din recepțiile pe care le oferea la curtea regală un centru de interes exclusivist și celebru în întreaga Europă.
Încercarea de asasinare a regelui Umberto de către Giovanni Passannante, în noiembrie 1878, a determinat-o pe Margherita să se implice și mai mult pentru a consolida prestigiul coroanei și a construi o politică de loialitate față de instituția monarhiei. A adunat în jurul ei un grup de intelectuali și artiști conservatori, cunoscut sub numele „Circolo della regina” (Cercul reginei) în celebrul său salon literar cunoscut ca „giovedì della regina” (Joia reginei), frecventat de cei mai cunoscuți muzicieni și scriitori ai epocii.
Legătura ei cu celebra pizza Margherita își are originea în anul 1889, când suverana a făcut o vizită la Napoli și a cerut să guste preparatele locale. Bucătarul Raffaele Esposito a pregătit special mai multe sortimente de pizza, iar una dintre ele — decorată cu roșii, mozzarella și frunze de busuioc verde — reproducea culorile drapelului italian, într-un moment în care ideea de unitate națională însuflețea întreaga țară. Impresionată, regina a declarat că aceasta este varianta ei preferată, iar Esposito i-a dedicat-o, botezând-o „Pizza Margherita”.
Pe 29 iulie 1900, în timp ce se afla la Monza, regele Umberto I, care scăpase cu viață după tentativa de asasinat a anarhistului Passannante, a fost ucis de un alt anarhist, Gaetano Bresci. Criminalul a fost prins și judecat, dar nu a fost condamnat la moarte, ci doar la închisoare pe viață, pentru că pedeapsa capitală fusese abolită în Italia din 1889.
Regina văduvă a fost privită de italieni cu o imensă compansiune, creându-se în jurul ei un adevărat mit. Conștientă de această creștere de popularitate, Margherita a acționat în consecință, ridicând și mai mult prestigiul monarhiei. Unicul ei fiu, Victor Emmanuel al III-lea, a preluat tronul Italiei la vârsta de 30 de ani, iar soția acestuia, discreta Elena de Muntenegru, a devenit suverană.
În calitate de regină mamă, Margherita a făcut un pas în spate, dar acest lucru nu a însemnat că s-a retras din viața publică, ci a rămas o figură dominantă, îndeplinindu-și în continuare atribuțiile dinastice, făcând vizite oficiale la spitale și biserici și oferind asistență materială persoanelor nevoiașe.
Spre deosebire de majoritatea naționaliștilor, Margherita s-a opus Primului Război Mondial, iar după ce a izbucnit conflagrația, a transformat una dintre reședințele ei în spital și s-a angajat activ în cadrul Crucii Roșii.
După ce războiul s-a încheiat, s-a temut că valul revoluționar din est va duce la sfârșitul monarhiei italiene. Acest lucru, combinat cu naționalismul ei destul de pronunțat, a determinat-o să sprijine discret regimul fascist al lui Benito Mussolini, deși nu și-a exprimat niciodată în mod explicit adeziunea față de el.
Regina mamă a murit pe 4 ianuarie 1926, la vârsta de 74 de ani, la reședința sa din Bordighera, locul unde petrecea câteva luni pe an datorită climei blânde din zonă. Trupul ei a fost transportat a doua zi cu trenul regal și a fost depus la Panteonul din Roma.
