Jackie Kennedy și copiii ei au rămas la Casa Albă timp de două săptămâni după asasinarea președintelui John Fitzgerald Kennedy. Președintele Lyndon B. Johnson i-a oferit apoi postul de ambasador al Statelor Unite în Franța, conștient de dragostea lui Jackie pentru istoria și cultura acestei țări, dar ea a refuzat să preia poziția.
În iarna următoare, Jacqueline și copiii au locuit în fosta lor casă din Georgetown, iar pe 14 ianuarie 1964, văduva a făcut o înregistrare pentru televiziune din biroul procurorului general, mulțumind poporului american pentru sutele de mii de mesaje de susținere pe care le-a primit după asasinarea soțului ei.
Câteva săptămâni mai târziu, a cumpărat o casă pe care a vândut-o însă ceva mai târziu, tot în 1964, și a cumpărat un penthouse în Manhattan, pe Fifth Avenue, la etajul 15, pentru suma de 250.000 de dolari, în speranța că va avea mai multă intimitate.
În următorii ani, Jacqueline a supravegheat înființarea Bibliotecii și Muzeului Prezidențial John F. Kennedy, care este depozitarul documentelor oficiale ale Administrației Kennedy. Imediat upă asasinat, Jacqueline s-a sprijinit foarte mult pe cumnatul său, Robert F. Kennedy, care era ca un tată pentru nepoții săi.
Pe 20 octombrie 1968, Jackie Kennedy s-a căsătorit cu prietenul ei de-o viață, Aristotel Onassis, un bogat magnat grec, care i-a oferit confidențialitatea și securitatea de care avea atâta nevoie. Nunta a avut loc pe Skorpios, insula grecească privată a lui Onassis din Marea Ionică, iar după mariaj a luat numele acestuia devenind Jacqueline Onassis și, prin urmare, și-a pierdut dreptul la protecția serviciilor secrete. Căsătoria i-a adus însă o publicitate negativă considerabilă, ducând că speculații că ar putea fi excomunicată din biserica catolică, pentru că Aristotel divorțase și fosta lui soție, Athina Livanos, era încă în viață, deși acest scenariu a fost respins în mod explicit de arhiepiscopul Bostonului, Cardinalul Richard Cushing, ca fiind un nonsens.
În timpul căsătoriei, cuplul a locuit în șase locuințe diferite: apartamentul de pe Fifth Avenue cu 15 camere din Manhattan, ferma de cai din New Jersey, apartamentul lui de pe Avenue Foch din Paris, în reședința de pe insula privată Skorpios, în casa din Atena și pe iahtul Christina.
Starea de sănătate a lui Aristotel Onassis s-a deteriorat rapid după moartea fiului său, Alexander, într-un accident aviatic, în 1973. Magnatul grec a murit din cauza unei insuficiențe respiratorii la vârsta de 69 de ani, la Paris, pe 15 martie 1975.
După moartea celui de-al doilea soț, Jacqueline s-a întors definitiv în Statele Unite, împărțindu-și timpul între Manhattan și complexul Kennedy din Hyannis Port, Massachusetts, iar în 1975, a devenit editor consultant la Viking Press, poziție pe care a deținut-o timp de doi ani.
Apoi Jackie a fost angajată la Editura Doubleday, unde a lucrat ca redactor asociat pentru vechiul ei prieten, John Turner Sargent.
În noiembrie 1993, fosta Primă Doamnă a Americii a căzut de pe cal în timp ce participa la o vânătoare în Middleburg, Virginia și a fost dusă la spital pentru a fi examinată. Medicii au descoperit cu această ocazie un ganglion limfatic inflamat în zona inghinală, care a fost inițial diagnosticat ca fiind cauzat de o infecție. Starea ei de sănătate s-a deteriorat în următoarele săptămâni, iar în decembrie, Jackie a acuzat noi simptome, inclusiv dureri de stomac și inflamarea ganglionilor limfatici din zona gâtului.
A fost diagnosticată cu limfom non-Hodgkin și a început chimioterapia în ianuarie 1994, dar a continuat să lucreze la Doubleday, în martie cancerul s-a răspândit la măduva spinării și la creier, iar în luna mai la ficat. Jackie s-a externat din Cornell Medical Center pe 18 mai 1994. În următoarea noapte, pe 19 mai, la ora 10 și 15 minute, a murit în somn, la doar 64 de ani. A doua zi, John F. Kennedy Jr. a anunțat moartea mamei sale, declarând că a fost “înconjurată de prietenii, de familia și de cărțile ei, de poporul american și de lucrurile pe care le-a iubit”.
Fosta Primă Doamnă a Americii este înmormântată la Cimitirul Național Arlington, Virginia, alături de președintele John Fitzgerald Kennedy.
