După asasinarea lui John Fitzgerald, Jackie și cei doi copii, John-John și Caroline Kennedy, au rămas la Casa Albă timp de două săptămâni. Președintele Lyndon B. Johnson i-a oferit apoi văduvei postul de ambasadoare a Statelor Unite în Franța, conștient de dragostea ei pentru istoria și cultura acestei țări, dar fosta Primă Doamnă a refuzat să preia poziția.
Pe 14 ianuarie 1964, Jackie a făcut o înregistrare pentru televiziune din biroul procurorului general, mulțumind poporului american pentru sutele de mii de mesaje de susținere pe care le-a primit după asasinarea lui JFK.

În acea iarnă, văduva a locuit împreună cu copiii în casa familiei din Georgetown, dar ulterior și-a cumpărat un penthouse în Manhattan, pe Fifth Avenue, pentru suma de 250.000 de dolari, în speranța că va avea mai multă intimitate.
În următorii ani, Jacqueline a supravegheat înființarea Bibliotecii și a Muzeului John F. Kennedy, depozitarul documentelor oficiale ale administrației fostului președinte. Imediat după asasinat, a primit sprijinul cumnatului ei, Robert F. Kennedy, care a fost ca un tată pentru micuții orfani.


Pe 20 octombrie 1968, Jackie s-a recăsătorit cu vechiul ei prieten, Aristotel Onassis, care i-a oferit securitatea de care avea atâta nevoie. Nunta a avut loc pe Skorpios, insula privată a magnatului grec din Marea Ionică, iar după mariaj a luat numele acestuia, devenind Jacqueline Onassis. Decizia de a-;i reface viața i-a creat însă o imagine negativă, apărând inclusiv speculații că ar putea fi excomunicată din biserica catolică, pentru că fosta soție a lui Aristotel, Athina Livanos, era încă în viață.

În timpul căsniciei, cuplul a locuit în șase locuințe diferite: apartamentul ei din Manhattan, ferma din New Jersey, apartamentul lui de pe Avenue Foch din Paris, reședința de pe insula Skorpios, casa din Atena și iahtul Christina.
Starea de sănătate a lui Aristotel Onassis s-a deteriorat după ce fiul lui, Alexander, a murit într-un accident aviatic, în 1973. Armatorul a încetat din viață din cauza unei insuficiențe respiratorii la vârsta de 69 de ani, la Paris, pe 15 martie 1975.
După moartea lui, Jacqueline s-a întors definitiv în Statele Unite, împărțindu-și timpul între Manhattan și complexul Kennedy din Hyannis Port, Massachusetts, iar în 1975, a devenit editor consultant la Viking Press, poziție pe care a deținut-o timp de doi ani. Fosta Primă Doamnă a fost apoi angajată la Editura Doubleday, unde a lucrat ca redactor asociat.
În noiembrie 1993, Jackie a căzut de pe cal în timp ce participa la o vânătoare, în Virginia și a fost dusă la spital pentru a fi examinată. Medicii au descoperit cu acea ocazie un ganglion limfatic inflamat în zona inghinală, despre care s-a crezut inițial că este cauzat de o infecție. Starea ei de sănătate s-a deteriorat în următoarele săptămâni, iar în decembrie a acuzat noi simptome, inclusiv dureri puternice de stomac.

În ianuarie 1994, a fost diagnosticată cu limfom non-Hodgkin și a început chimioterapia, dar în martie cancerul s-a metastazat. Jackie s-a externat din spital pe 18 mai 1994. În următoarea noapte, pe 19 mai, la ora 10 și 15 minute, a murit în somn. A doua zi, John F. Kennedy Jr. i-a anunțat decesul, declarând că a fost înconjurată până în ultima clipă „de prietenii, de familia și de cărțile ei, de poporul american și de lucrurile pe care le-a iubit”.
Fosta Primă Doamnă a Americii a fost înmormântată la Cimitirul Arlington din Virginia.






