Jackie, John-John și Caroline Kennedy au rămas la Casa Albă timp de două săptămâni după asasinarea lui John Fitzgerald. Președintele Lyndon B. Johnson i-a oferit apoi postul de ambasador al Statelor Unite în Franța, conștient de dragostea ei pentru istoria și cultura acestei țări, dar fosta Primă Doamnă a refuzat să preia poziția.
Pe 14 ianuarie 1964, Jackie a făcut o înregistrare pentru televiziune din biroul procurorului general, mulțumind poporului american pentru sutele de mii de mesaje de susținere pe care le-a primit după asasinarea lui JFK.
În acea iarnă văduva a locuit împreună cu copiii în casa familiei din Georgetown, dar ulterior și-a cumpărat un penthouse în Manhattan, pe Fifth Avenue, la etajul 15, pentru suma de 250.000 de dolari, în speranța că va avea mai multă intimitate.
În următorii ani, Jacqueline a supravegheat înființarea Bibliotecii și a Muzeului John F. Kennedy, depozitarul documentelor oficiale ale administrației fostului președinte. Imediat după asasinat, s-a sprijinit foarte mult pe cumnatul ei, Robert F. Kennedy, care a fost ca un tată pentru micuții orfani.
Pe 20 octombrie 1968, s-a căsătorit cu prietenul ei de-o viață, Aristotel Onassis, un bogat magnat grec, care i-a oferit securitatea de care avea atâta nevoie. Nunta a avut loc pe Skorpios, insula grecească privată a lui Onassis din Marea Ionică, iar după mariaj a luat numele acestuia, devenind Jacqueline Onassis. Decizia de a se recăsători i-a creat însă o imagine negativă, apărând inclusiv speculații că ar putea fi excomunicată din biserica catolică, pentru că fosta soție a lui Aristotel, Athina Livanos, era încă în viață.
În timpul căsniciei, cuplul a locuit în șase locuințe diferite: apartamentul ei din Manhattan, ferma din New Jersey, apartamentul lui de pe Avenue Foch din Paris, reședința de pe insula privată Skorpios, casa din Atena și iahtul Christina.
Starea de sănătate a lui Aristotel Onassis s-a deteriorat rapid după ce fiul lui, Alexander, a murit într-un accident aviatic, în 1973. Armatorul a încetat din viață din cauza unei insuficiențe respiratorii la vârsta de 69 de ani, la Paris, pe 15 martie 1975.
După moartea lui, Jacqueline s-a întors definitiv în Statele Unite, împărțindu-și timpul între Manhattan și complexul Kennedy din Hyannis Port, Massachusetts, iar în 1975 a devenit editor consultant la Viking Press, poziție pe care a deținut-o timp de doi ani. Fosta Primă Doamnă a fost apoi angajată la Editura Doubleday, unde a lucrat ca redactor asociat.
În noiembrie 1993, Jackie a căzut de pe cal în timp ce participa la o vânătoare în Middleburg, Virginia, și a fost dusă la spital pentru a fi examinată. Medicii au descoperit cu această ocazie un ganglion limfatic inflamat în zona inghinală, despre care s-a crezut inițial că este cauzat de o infecție. Starea ei de sănătate s-a deteriorat în următoarele săptămâni, iar în decembrie a acuzat noi simptome, inclusiv dureri puternice de stomac.
În ianuarie 1994, a fost diagnosticată cu limfom non-Hodgkin și a început chimioterapia, dar în martie cancerul s-a metastazat. Jackie s-a externat din Cornell Medical Center pe 18 mai 1994. În următoarea noapte, pe 19 mai, la ora 10 și 15 minute, a murit în somn. A doua zi, John F. Kennedy Jr. i-a anunțat decesul declarând că a fost înconjurată până în ultima clipă “de prietenii, de familia și de cărțile ei, de poporul american și de lucrurile pe care le-a iubit”.
Fosta Primă Doamnă a Americii a fost înmormântată la Cimitirul Arlington din Virginia, alături de președintele John Fitzgerald Kennedy.