La începutul anului 1963, Jacqueline era din nou însărcinată, ceea ce a determinat-o să-și reducă îndatoririle oficiale. A petrecut cea mai mare parte a verii într-o casă pe Squaw Island, care se afla aproape de complexul Kennedy din Cape Cod, Massachusetts.Pe 7 august, cu cinci săptămâni înainte de data așteptată a nașterii, Jackie a intrat în travaliu și a dat naștere unui băiat, Patrick Bouvier Kennedy, printr-o operație cezariană de urgență efectuată la baza aeriană Otis. Plămânii copilului nu erau pe deplin dezvoltați și bebelușul a fost transferat de la Cape Cod la Spitalul de Copii din Boston, unde a murit la două zile după naștere.
Jacqueline rămăsese la Otis Air Force Base pentru a se recupera după cezariană, dar președintele a mers la Boston pentru a fi împreună cu fiul lor și a fost de față când băiețelul a murit.
Prima Doamnă a fost profund afectată de moartea lui Patrick și a intrat într-o depresie profundă. Prieten și susținător al lui Jacqueline, Aristotel Onassis, conștient de suferința ei, a invitat-o pe iahtul său să se recupereze. Președintele Kennedy a avut inițial rezerve, dar în final a fost de acord cu voiajul despre care credea că ar fi benefic pentru soția sa. Călătoria a fost însă dezaprobată de administrația Kennedy, de către o mare parte a publicului larg și chiar în cadrul Congresului au existat voci critice. Prima doamnă s-a întors în Statele Unite pe 17 octombrie 1963. Mai târziu, a spus că a regretat că a fost plecată atâta timp.
Pe 21 noiembrie 1963, Prima Doamnă și Președintele au părăsit Casa Albă pentru o călătorie în Texas. După micul dejun din dimineața zilei de 22 noiembrie, au efectuat un zbor foarte scurt cu Air Force One către Dallas Love Field. Jackie purta un costum Chanel de culoare roz și o pălărie. Limuzina prezidențială urma să-i ducă la Trade Mart, unde președintele trebuia să vorbească la prânz. Prima Doamnă se așezase in stânga soțului ei, pe al treilea rând de locuri din mașină, iar guvernatorul statului Texas, John Connally, și soția lui erau așezați în fața lor. Vicepreședintele Lyndon B. Johnson și soția sa îi urmau într-o altă mașină.
După ce coloana prezidențiala a dat colțul pe strada Elm din Dealey Plaza, prima doamnă a auzit un zgomot despre care a crezut că era al unei motociclete. Nu și-a dat seama că a fost zgomotul unei arme până când nu l-a auzit pe guvernatorul Connally țipând. În decurs de 8,4 secunde, au izbucnit încă două focuri de armă și unul dintre ele l-a atins pe John Fitzgerald în cap.
Președintele a fost dus la Spitalul Parkland din Dallas și supus unei intervenții chirurgicale de urgență. La cererea ei, Prima Doamnă a fost prezentă în sala de operații. Curând președintele Statelor Unite ale Americii a fost declarat decedat.
Jacqueline a refuzat să-și îndepărteze îmbrăcămintea pătată de sânge și a regretat că și-a spălat sângele lui John de pe față și de pe mâini. A continuat să poarte costumul roz pătat de sânge în Air Force One și în timpul în care a fost prezentă la depunerea jurământului de către Lyndon B. Johnson.
Costumul Jacquelinei a fost donat Administrației Naționale a Arhivelor în 1964 și, conform unui acord semnat de fiica lor, Caroline, nu va fi expus public până în anul 2103.
Jacqueline a avut un rol activ în planificarea înmormântării de stat a soțului, care a fost asemanatoare cu serviciul funerar al lui Abraham Lincoln. A cerut un sicriu închis, împotriva dorinței cumnatului său, Robert.
Ceremonia funerară a avut loc la Catedrala Sf. Matei Apostolul din Washington, iar înmormântarea s-a desfășurat la Cimitirul Național din Arlington.
Jacqueline s-a aflat în fruntea procesiunii, mergând pe jos, ea fiind cea care a aprins flacăra veșnică la mormânt. The Evening Standard relata pentru publicul londonez: “Jacqueline Kennedy a oferit poporului american un lucru care i-a lipsit mereu: Majestatea”.
