Violante Beatrice a venit pe lume pe 23 ianuarie 1673 la Munchen, fiind cel mai mic copil al lui Ferdinand, elector de Bavaria, și al Henriettei Adelaide de Savoia.
În 1699, Marele Duce Cosimo al III-lea de Toscana s-a gândit tânăra ar fi o mireasă potrivită pentru Ferdinando, fiul său cel mare și moștenitor al ducatului, mai ales pentru că Bavaria era unul dintre cele mai puternice state ale Sfântului Imperiu Roman. Totuși, la acel moment relațiile dintre Munchen și Florența erau înghețate de ceva vreme pentru că tatăl lui Cosimo, Ferdinando al II-lea, îl înșelase pe tatăl Violantei cu o sumă mare de bani.
Pentru a obține mâna tinerei pentru Marele Prinț, Cosimo a fost obligat să ramburseze integral datoria și, după ce acest obstacol a fost depășit, cele două case nobiliare au semnat contractul de căsătorie. Prințesa a primit o zestre de 400.000 de taleri în numerar și aceeași sumă în bijuterii, s-a căsătorit cu Ferdinando prin procură pe 21 noiembrie 1688 și imediat a plecat spre noua ei țară. Violante și prințul s-au cunoscut și s-au căsătorit în persoană pe 9 ianuarie 1689, iar ceremonia religioasă a fost însoțită de o recepție organizată la Palazzo Medici Riccardi din Florența. În ciuda faptului că a detestat-o pe nora lui, pentru că o considera urâtă, Cosimo al III-lea a insistat ca fiul său să-și respecte soția care adusese atât de mulți bani în căsătorie, dar mariajul celor doi nu a fost deloc fericit.
După șase ani, cuplul ducal nu reușise să aibă niciun moștenitor, iar Marele Duce, îngrijorat de soarte ducatului, a decis să fie organizată o rugăciune publică cu durata de trei zile, sperând că astfel problemele de fertilitate ale Violantei se vor rezolva.
Totuși, în scurt timp orice speranță de apariție a unui bebeluș a fost spulberată pentru că Ferdinando s-a îmbolnăvit în 1696 de sifilis (cel mai probabil în timpul unui carnaval desfășurat la Veneția.
Între timp, Marea Ducesă a căzut victimă unei depresii, se afla într-o permanentă stare de melancolie, iar singurul care a încercat să o consoleze a fost cumnatului ei, Gian Gastone, care s-a apropiat de ea în acea perioadă. Violante Beatrice făcea rareori aluzii la suferința sa în public, dar se pare că la un moment dat ar fi mărturisit că Cecchino de Castris, amanta de la acea vreme a soțului ei, este motivul tuturor problemelor din căsnicie, iar faptul că Ferdinando spunea adesea că soția sa este “prea plictisitoare și prea urâtă” nu a făcut decât să înrăutățească lucrurile.
Marele Prinț a murit din cauza sifilisului pe 31 octombrie 1713, declanșând o criză de succesiune în ducat. Lăsându-și soția văduvă și fără copii însemna, de fapt, că ea își pierdea orice rol la curtea de la Florența, iar Violante a suferit enorm pentru că nu a reușit să-și îndeplinească misiunea. S-a îmbolnăvit și a avut nevoie de asistența medicilor. În acea perioadă s-a gândit să se întoarcă în țara natală, dar a aflat de intenția Annei Maria Luisa de’ Medici de a se întoarce în ducat pentru a-i uzurpa poziția și și-a schimbat planurile.
Pentru a înăbuși orice conflict privind prioritatea la curte, socrul ei, Cosimo al III-lea, a numit-o pe prințesa văduvă guvernatoare a Sienei și i-a oferit atribuții care au ținut-o departe de Florența, primind apoi drept compensație Villa di Lappeggi, care a devenit un fel de academie literară.
În aprilie 1717, prințesa și-a preluat funcția oficială din Siena, și-a ales ca reședință un palat în centrul orașului și s-a ocupat cu mult devotament de sarcinile administrative. Marele Duce Cosimo al III-lea a murit pe 31 octombrie 1723, fiind urmat la tron de Gian Gastone, care și-a amintit imediat de Violante Beatrice, a invitat-o să vină la Florența și și-a alungat sora, pe Anna Maria Luisa de’ Medici, adversara veche a ducesei, la Villa La Quiete.
În următorii ani, Violante Beatrice a dominat curtea ducală, mai ales după ce Gian Gastone a renunțat la toate îndatoririle publice în favoarea ei, alegând pur și simplu să-și petreacă cea mai mare parte a timpului în pat. Onorată de misiunea pe care a primit-o, a instituit moda franceză la curte, a încurajat viața literară și a încercat să imprime o viziune modernă de conducere a ducatului.
Violante Beatrice de Bavaria, Marea Prințesă a Toscanei și guvernatoare de Siena, a murit pe 30 mai 1731, la vârsta de 58 de ani, la Palazzo Pitti, rămășițele fiindu-i depuse la Mănăstirea Sfânta Tereza din Florența. Inima ei a fost așezată în sicriul soțului, în necropola San Lorenzo de’ Medici.
