Isabella, cunoscută și ca regina Zabel a Armeniei Ciliciene (Regatul armean al Ciliciei), s-a născut pe 27 ianuarie 1216 și a fost singurul copil al regelui Leon I cu cea de-a doua sa soție, Sybilla a Ciprului.
În 1218, copila a fost logodită formal cu Andrei, al treilea fiu al regelui Andrei al II-lea al Ungariei, dar angajamentul a fost rupt după scurt timp pentru că băiatului i-a fost găsită o pretendentă mai potrivită.
Regele Leon I a murit în mai 1219 și, aflat pe patul de moarte, a numit-o pe Isabella, care avea doar trei ani, moștenitoarea sa, plasând-o sub regența lui Adam de Baghras, un nobil în care suveranul avea deplină încredere. Bărbatul a fost însă ucis după câteva luni, iar fetița a fost preluată de singura casă nobiliară armeană influentă, cea a familiei Hethum, care era condusă de Constantin de Barbaron.
În acest timp, tronul a fost revendicat de John de Brienne, care era căsătorit cu Rita, sora mai mare a fetiței, iar Papa Honorius al III-lea i-a dat dreptate acestuia, însă a decis ca tronul să fie moștenit fie de soția sa, fie de fiul lor, nu de el. În timp ce se pregătea să plece spre Cilicia armeană, Rita a murit, iar fiul lor, al cărui nume nu este cunoscut, s-a stins și el câteva săptămâni mai târziu și, în aceste condiții, John de Brienne nu a mai avut nici o pretenție asupra tronului. A apărut însă un alt pretendent, Raymond-Roupen, care a susținut că tronul i se cuvine pentru că mama sa, Alice, era nepoata regelui Leon I și, înainte de moartea suveranului, fusese considerat moștenitor al acestuia.
Raymond-Roupen s-a implicat în Cruciade pentru a primi, în schimb, sprijinul papei în revendicarea Armeniei ciliciene și chiar a reușit să primească promisiuni din partea legatului papal Pelagius. În plus, Raymond-Roupen a obținut susținerea orașului Tarsos (aflat astăzi în zona Mersin din Turcia), în special a lui Vahram, castelanul din Corycus. Deși inițial a avut succes în ofensiva sa de cucerire, bărbatul a fost forțat să se retragă, a fost capturat și și-a sfârșit zilele în închisoare un an mai târziu, iar fiicele și soția sa s-au refugiat în Cipru.
După această tentativă, Isabella a rămas moștenitoarea incontestabilă a tronului tatălui ei, dar cum Armenia ciliciană era slăbită de războaie și avea nevoie de un aliat puternic, regentul copilei s-a gândit să consolideze puterea regatului asociindu-se cu Principatul Antiohiei. Constantin de Barbaron i-a cerut prințul Bohemond al IV-lea să-l trimită pe cel de-al patrulea fiu al său, Filip, pentru a se căsători cu Isabella, singura condiție fiind ca mirele să se alăture Bisericii Armene, iar tânărul a fost de acord să adopte credința și obiceiurile viitoarei soții.
Filip s-a căsătorit cu Isabella în orașul Sis (devenit astăzi orașul Kozan) în iunie 1222 și a devenit rege, dar domnia sa a fost scurtă, pentru că în curând disprețul lui față de tradițiile armene, pe care promisese că le va respecta, a devenit evident, iar acest lucru i-a înfuriat pe nobilii armeni.
La un moment dat s-a zvonit că Filip vrea să unească ținutul Armeniei Ciliciene cu Antiohia și, în acel moment, Constantin de Barbaron a decis să oprească orice astfel de tentativă. Filip și Isabella, care se îndreptau spre palatul bărbatului, au fost sechestrați la Tall Hamdun, în castelul Toprakkale, fiind apoi aduși înapoi la Sis, unde tânărul rege a fost închis și probabil otrăvit la începutul anului 1225.
La moartea soțului ei, Isabella a decis să devină călugăriță și a fugit la Castelul Silifke, căutând refugiu la Cavalerii Ospitalieri, unul dintre cele mai renumite ordine militare creștine occidentale din timpul Evului Mediu, care va deveni mai târziu Ordinul Cavalerilor de Malta. Reprezentanții grupului nu voiau să o predea pe fugară lui Constantin de Barbaron, dar se temeau de puternicul regent și, până la urmă, i-au vândut acestuia cetatea cu tot cu Isabella.
Aflând de uciderea fiului său, Bohemond al IV-lea, tatăl lui Filip, s-a aliat cu Kayqubad I, sultanul de Rum, și a plecat la război, deși papa îi interzisese explicit să înceapă un astfel de conflict, considerându-l dăunător pentru întreaga creștinătate. Ignorând avertismentul Vaticanului, Bohemond al IV-lea a devastat Cilicia în 1225, dar în cele din urmă a fost învins și a trebuit să se întoarcă în Antiohia.
Nu după mult timp, biata Isabella a fost forțată să se căsătorească cu fiul lui Constantin de Barbaron, care a fost încoronat în iunie 1226 ca regele Hetum I. Se spune că regina a refuzat să accepte consumarea căsătoriei timp de mulți ani, deși mariajul fusese aprobat de papă.
Se pare că Isabella a avut o mare influență politică, de exemplu a semnat împreună cu soțul ei un document oficial prin care transfera castelul și orașul Haronie Ordinului Cavalerilor Teutoni. În cele din urmă l-a acceptat pe Hetun I ca soț și au avut împreună șapte copii: Euphemia, Sybilla, Rita, Leon al II-lea, Thoros, Isabella și Maria.
Regina a murit pe 23 ianuarie 1252 și legenda spune că, simțind că e aproape de finalul vieții, a decis să rămână într-un loc numit Ked, iar aici ar fi auzit un glas din cer spunându-i cu voce tare: „Vino porumbelul meu, vino dragostea mea, sfârșitul tău este aproape!”
Bucuroasă, le-a împărtășit viziunea femeilor care o însoțeau, După câteva minute credincioasa Isabella a murit, fiind înmormântată la mănăstirea Drazark, astăzi distrusă.