Isabella, Infantă a Spaniei, a venit pe lume la Palatul Regal din Madrid pe 20 decembrie 1851 și a fost fiica cea mare a reginei Isabella a II-a și a soțului ei, regele consort Francisc. Nașterea ei a fost așteptată cu nerăbdare, pentru că mama ei adusese pe lume anterior doi copii care muriseră și, în epoca tumultuoasă a revoltelor carliste și a războiului civil, Isabella a fost imediat recunoscută ca moștenitoare a tronului și i s-a acordat titlul tradițional de prințesă de Asturia.
Copila a fost botezată de arhiepiscopul de Toledo cu numele María Isabel Francisca de Asís Cristina Francisca de Paula Fernanda Luisa Josefa Trinidad Joaquina Ana Melchora Gaspara Baltasara María del Olvido Dolores Pilar Concepción Carmen Desamparados Filomena Micaela Rafaela Gabriela Dominga de la Cogolla Tomasa Teresa Rita Lucía Águeda Bárbara Bibiana María de la Cabeza Isidra Rosalía Polonia Lugarda Ramona de Cosme Damiana Antonia de San Antón Juana Bautista Vicenta de Ferrer Genara Francisca de Borja Blasa Jacoba de Roque Caralampia y de Todos los Santos de Borbón y Borbón.
După nașterea ei, suverana a mai născut două fiice care au trăit doar câteva zile și doi fii care au murit la naștere. Când Isabella avea șase ani, a venit pe lume viitorul rege Alfonso al XII-lea, urmat două surori, Infanta María și Infanta Eulalia, iar Isabella și-a pierdut titlul de Prințesă de Asturia și a fost crescută separat de restul copiilor regali.
Mariajul părinților a avut în permanență probleme. Mama, căsătorită împotriva dorinței ei la vârsta de 16 ani cu vărul primar, Francisc, Duce de Cádiz, nu a putut trece peste antipatia față de soț și și-a găsit repede consolarea în brațele altor bărbați. Este posibil ca tatăl natural al infantei Isabella să fi fost Juan de Arana, un aristocrat spaniol tânăr și frumos care era favoritul Isabellei în acea perioadă.
După ce fratele ei a ocupat tronul Spaniei, pe 29 decembrie 1874, pentru că noul suveran nu avea încă moștenitori, Isabella, ajunsă la vârsta de 23 de ani, a devenit încă o dată moștenitoare prezumtivă a tronului și deținătoare a titlului de Prințesă de Asturia, dar și-a pierdut poziția în 1880, după nașterea primului copil al lui Alfonso, Mercedes.
Fiind moștenitoarea coroanei Spaniei și având un frate cu o sănătate delicată, exista un interes mare pentru mâna ei. Primul ministru Antonio Cánovas del Castillo a vrut să o căsătorească cu Prințul Amadeo de Savoia a cărui soră, Maria Pia, se căsătorise recent cu Luis I al Portugaliei, dar în cele din urmă proiectul a eșuat.
Din motive politice, Isabella a II-a a trebuit să recunoască unificarea Italiei sub coroana de Savoia, și, pentru a-i compensa pe verii ei de Bourbon-Două Sicilii care se supăraseră din cauza acestei decizii, regina a aranjat căsătoria fiicei sale cu unul dintre frații vitregi ai regelui detronat Francisc al II-lea al celor Două Sicilii, Prințul Gaetan, Conte de Girgenti, fiul regelui Ferdinand al II-lea al celor Două Sicilii și al Arhiducesei Maria Theresa de Austria. Tânărul își pierduse recent mama și unul dintre frații mai mici, iar familia lui avea mari dificultăți financiare.
Nici Isabella, nici Gaetan nu erau prea încântați de proiectul căsătoriei. Tânărul era înalt, bun la suflet și frumos, însă fără niciun ban, avea probleme de sănătate și nu era prea inteligent. Isabella era scundă, blondă, cu ochi albaștri, cuminte, conservatoare și încăpățânată.
Căsătoria a avut loc pe 13 mai 1868, iar după nuntă tânărul cuplu a plecat în luna de miere. În drumul lor de întoarcere spre Spania, în timp ce se aflau în vizită la Napoleaon al III-lea la Fontainebleau, cei doi au primit vestea că Isabela a II-a își pierduse tronul.
Gaetan s-a grăbit să ajungă în Spania unde a luptat apărând monarhia în bătălia de la Alcolea, dar înfrângerea a marcat sfârșitul domniei soacrei lui, iar regina a trecut granița în Franța împreună cu întreaga familie regală. Inițial, infanta Isabella și Gaetan au locuit la Paris, într-o casă ce aparținea unchiului lui. Timp de doi ani cuplul a făcut o serie de călătorii în Europa vizitând Austria, Germania și Anglia, încercând zadarnic să găsească un tratament pentru Gaetan. Tânărul reușise să-i ascundă soției faptul că era epileptic, însă într-o seară a făcut o criză în fața Isabellei. Infanta, care era însărcinată, a suferit un avort spontan, iar pierderea copilului, pierderea coroanei și sănătatea în declin l-au afectat foarte mult pe bărbat, care a fost afectat de o depresie profundă și a încercat să se sinucidă. De atunci nu i s-a mai permis să stea singur. Totuși, pe 26 noiembrie 1871, în timp ce erau cazați la un hotel din Lucerna, Elveția, Gaetan a s-a blocat într-o cameră, s-a împușcat în cap și a murit după câteva minute. Tânăra infantă în vârstă de 20 de ani se atașase de soțul ei și a fost extrem de afectată de moartea lui tragică.
Pe 29 decembrie 1874, fratele ei, Alfonso al XII-lea, a fost înscăunat pe tronul Spaniei, iar la scurtă vreme Isabella a fost chemată de guvern ca Primă Doamnă și moștenitoare prezumptivă a coroanei. În această perioadă au existat diferite proiecte de căsătorie. Arhiducele Ludwig Salvator de Austria, care trăia în Spania, a fost prima alegere a guvernului însă, din cauza comportamentului lui excentric, proiectul a fost abandonat. Un alt candidat a fost prințul Arnulf de Bavaria, dar Isabella nu a mai vrut să se recăsătorească și fratele ei, de care era foarte atașată, i-a respectat dorința.
În perioada următoare s-a apropiat de o tânără verișoară, Mercedes, care s-a căsătorit cu Alfonso în 1880 și care a înlocuit-o ca Prima Doamnă a regatului. După moartea prematură a acesteia, Isabella a ales-o pe Arhiducesa Maria Christina de Austria ca nouă cumnată, însă în noiembrie 1885, regele Alfonso al XII-lea a murit, cu trei zile înainte de a împlini vârsta de 28 de ani. Suferea de tuberculoză, dar cauza imediată a morții sale a fost o dizenterie. Maria Christina era însărcinată în acel moment și fiul ei, care a venit pe lume pe 17 mai 1886, a fost declarat la naștere rege al Spaniei.
După moartea prematură a fratelui ei, Isabella a sprijinit-o pe văduva lui, regenta Maria Cristina de Austria, și a devenit o a doua mamă a copiilor fratelui ei, fetele Mercedes și Maria Tereza, și micuțul Alfonso al XIII-lea.
Isabella a încetat pe 23 aprilie 1931, la vârsta de 79 de ani, în timp ce se afla în exil în Franța, la cinci zile după ce nepotul ei, regele Alfonso al XIII-lea al Spaniei, a pierdut tronul și întreaga familie regală a plecat din țară. Cea mai mare parte a bijuteriilor sale i le-a lăsat suveranului exilat, iar faimoasa ei tiara Mellerio Shell este purtată frecvent de regina Sofía a Spaniei.
