Ioan Nepomuk s-a născut în anul 1345 sub numele Johannes Welflin în Pomuk, localitate aflară în Boemia de vest. Copilul a făcut studii la mănăstirea cistercienilor din apropierea casei părinteşti și, după ce a terminat studiile superioare la Universitatea din Praga, a devenit preot la catedrala oraşului, fiind îndrăgit de locuitorii din Praga, în special de studenţi. Lui Nepomuk i s-a oferit un scaun episcopal, dar tânărul preot a refuzat și a acceptat doar funcția de administrator al operelor de binefacere, considerând că, astfel, va avea posibilitatea de a veni în ajutorul celor în nevoie.
Și-a început apoi misiunea de apărare a drepturilor oamenilor simpli în conflictele cu cei înstăriţi, dar această preocupare l-a nemulțumit pe tânărul rege Venceslau al Boemiei. Acest rege, crescut de o mamă frivolă, Ana de Bavaria, și aflat mai târziu sub influența unor supuşi rău-intenționați, o înșela frecvent pe soţia sa, Ioana, care suporta o viaţă de chin.
Tânăra era fiica ducelui Albert I de Bavaria și fusese trimisă la Praga pe când avea doar opt ani, în 1370, pentru a deveni soția viitorului rege, care avea nouă ani la momentul acestei întâlniri. Cei doi s-au căsătorit, dar mariajul a rămas neconsumat până în 1376, iar Ioana va fi profund nefericită și se va îndrepta spre tânărul preot Ioan Nepomuk, care a sfătuit-o să-și găsească alinarea în credință.
Regele Venceslau a început să o bănuiască pe tânăra soţie de complicitate la acţiuni organizate împotriva sa, așa că l-a cheamat la palat pe Ioan, duhovnicului ei, şi i-a cerut să devoaleze destăinuirile Ioanei.
Preotul și-a păstrat calmul şi demnitatea și a răspuns: Non licet (Nu este îngăduit), regele a recurs la ameninţări, dar a primit acelaşi răspuns. Atunci a poruncit ca preotul să fie aruncat în carceră şi torturat, Ioan a fost întins pe scaunul de tortură, i-ai fost rupte câteva coaste, membrele i-au fost arse cu torţe aprinse, iar el spunea doar atât: „Isuse, Maria!”
Pentru că nu a reuşit să obţină nici o mărturisire, Venceslau l-a pus în libertate, cerându-i să se mai gândească. Pe 20 martie 1393, în timp ce preotul trecea prin faţa palatului regal, a fost văzut de Venceslau care și-a trimis oamenii să-l aducă la el: „Ori vorbeşti, ori vei muri chiar în noaptea aceasta”, i-ar fi spus, mânios, regele. Preotul a tăcut şi l-a privit cu compasiune. „Luaţi-l din ochii mei şi aruncaţi-l în râu”, a venit porunca suveranului, iar călăii l-au prins și l-au aruncat în apele râului Vltava de pe Podul Carol. Martorii au povestit apoi că, în timpul nopţii, o lumină neobişnuită plutea încet deasupra apei. Regina Ioana a văzut neobişnuitul fenomen din apartamentul ei şi a alergat la rege să-l întrebe: „Ce să fie oare acea lumină pe apă?”
Cuprins de remuşcări şi de spaimă, Venceslau a început să fugă din cameră în cameră, negăsindu-şi liniştea. A doua zi trupul lui Nepomuk, care va fi numit martir al secretului spovezii, a fost pescuit şi înmormântat în Catedrala Mitropolitană Vitus, unde se află și astăzi.
Despre blânda soție a regelui Venceslau se știe că nu a avut copii, cel mai probabil din cauza infertilității regelui, care era alcoolic. Regina a trăit până la vârsta de 33 de ani, fiind ucisă de câinii de vânătoare ai soțului său. Venceslau i-a organizat funeralii impresionante la Castelul Zebrak, apoi corpul tinerei a fost expus câteva zile la catedrala Vitus din Praga și, în cele din urmă, înmormântat la Castelul din Praga.
O altă versiune a legendei spune că cea de-a doua soție a regelui Venceslau, Sofia de Bavaria, este cea din pricina căreia preotul a fost ucis, iar cea de-a treia poveste avansează conflictele lui Ioan Nepomuk cu arhiepiscopul Johann von Jenstein drept motiv al crimei de pe Podul Carol.
Se spune că pe 14 aprilie 1719, după mai bine de 300 de ani de la moartea sa, corpul lui Ioan a fost deshumat şi, spre uimirea tuturor, limba preotului era intactă. Astăzi, un relicvar împodobit cu 1.200 de diamante păstrează limba sfântului care a ştiut să tacă în fața amenințării cu moartea, iar pe placa funerară a mormântului sunt înscrise cuvintele: „Sub această lespede zace trupul fericitului şi slăvitului făcător de minuni Ioan Nepomuk, doctor, canonic al acestei biserici şi duhovnic al reginei, care, deoarece a păstrat secretul spovezii, a fost chinuit crunt şi apoi aruncat de pe podul din Praga în râul Vltava, din porunca lui Venceslau al IV-lea, regele Boemiei, în anul 1393″.
În anul 1721 Ioan Nepomuk a fost canonizat și declarat sfânt de Papa Benedict al XIII-lea. Mormântul său din Catedrala din Praga este o capodoperă, conține 16,5 tone de argint și a fost realizat de Joseph Emanuel Fischer von Erlach. Ioan Nepomuk este patronul protector al Boemiei, preoților, corăbierilor, plutașilor și morarilor, podurilor și al tuturor celor care păstrează o taină.
În afară de bine-cunoscuta sa statuie care se află lângă Podul Carol din Praga, o alta se găsește în curtea bisericii romano-catolice din Reșița și una la Hunedoara, așezată în partea dreaptă a podului de acces în castelul Huniazilor.
